现阶段,转变经济增长方式,优化产业结构是中国经济“调结构,稳增长”的重要内容,所以产业结构调整迫在眉睫,尤其是制造业。创新作为经济增长的新驱动力,也是实现制造业结构升级的最重要途径。不同类型的创新投入是创新的基础,自主研发、技术改造、技术引进和消化吸收都是创新投入的重要形式,是实现技术进步、提高劳动生产率的重要途径。不同类型的创新投入对不同要素密集型产业结构升级的影响作用也存在差异。因此本文主要研究不同类型创新投入对制造业结构升级的影响,具体地分析如下：第一章绪论,主要介绍研究背景、研究意义、研究方法、研究思路和框架以及可能存在的创新点。第二章是文献综述,分为三个部分内容,第一部分是对产业结构升级相关内容进行概述；第二部分是产业结构升级的衡量指标的文献梳理；第三部分对产业结构升级影响因素的文献梳理。第三章是制造业结构升级的定量测算与分析,本章主要用制造业结构高度化衡量制造业结构升级,然后利用R&D经费强度和R&D人员将我国制造业27个行业分为技术密集型和非技术密集型产业,接着通过公式测算我国制造业的产业结构高度化值并进行分析,客观反映我国制造业结构升级的现状。分析发现：2005-2011年我国制造业一直处于升级过程中,现在处于以非技术密集型产业为主,但需向技术密集型产业为主过渡的时期,制造业结构升级的核心是劳动生产率的提高。第四章是创新投入对制造业结构升级影响的理论分析,主要从自主创新、技术改造、技术引进和消化吸收几个方面分析不同创新投入对制造业结构升级的影响。第五章是创新投入对制造业结构升级影响的实证分析,本章利用2005-2011年行业面板数据构建联合回归模型,实证分析R&D经费内外部支出、技术改造经费支出、技术引进经费支出和消化吸收经费支出对我国制造业结构升级的影响,以及对两类要素密集型产业结构升级影响的差异性。结果表明：(1)现阶段不同类型的创新投入对制造业结构升级作用存在差异。技术改造经费支出对制造业结构升级的促进作用最大,R&D经费内部支出次之,接着是R&D经费外部支出。技术引进经费支出、消化吸收经费支出对制造业结构升级作用不明显。(2)不同类型的创新投入在行业间存在异质性,不同类型创新投入对非技术密集型产业结构升级影响与制造业类似,在一定程度上印证了目前我国制造业处于以非技术密集型产业为主的工业发展阶段；从技术密集型产业来看,R&D经费内外部支出对技术密集型产业结构升级的影响作用最大,技术改造经费支出次之,接着是技术引进经费支出。R&D经费内外部支出交互项、技术引进经费支出与R&D经费内部支出交互项对技术密集型产业结构升级有正向促进作用,消化吸收经费支出对技术密集型产业结构升级不具有明显的促进作用。第六章主要介绍了本文的结论、建议和进一步可研究的问题。