创新带动技术进步促进经济持续稳定增长,从而提升我国的综合国力。它是现代社会各方面得以向前发展的支撑点,融入社会生活的方方面面。从2014年5月习近平主席在河南考察期间提出“新常态”的概念,表明中国进入机遇与挑战并存的经济发展的新时期。2016年是“十三五”规划的开局之年,中国进入社会经济换档升级、引擎更迭的关键时期,认清当前我国创新面临的背景,有助于创新主体间科学、合理配置和运用资源,提高创新效率,以新技术带动国家富强,提升我国国际地位。本文首先从我国面临的环境出发,结合我国目前创新的实际情况及已有的理论研究基础,从理论上将创新价值链分成三阶段分别为基础研究阶段、应用研究阶段、产品研究阶段,以高校、科研机构、企业等创新主体为载体,建立Malmquist模型测度创新全要素生产率。其次通过空间滞后模型(SLM)分析全要素生产率溢出效应考察价值链各阶段前后联动效应,进而分析不同影响因素对不同创新主体的作用。最后,建立平滑转移模型(PSTR)分析政府针对不同研发主体投入资金的门槛值,为政府合理的资金投入促进全要素生产率的提升提出政策建议。本文通过对各阶段创新全要素生产率进行测算,表现出基础研究与产品研究创新全要素生产率略高于应用研究创新全要素生产率,从区域上看,创新全要素生产率平均增长速度均呈现由东部到西部逐渐递减特征。这表明我国区域创新能力存在差别,价值链各阶段间创新能力也存在差异。以此为基础分析创新全要素生产率溢出效应,实证结果表明创新价值链三阶段均存在正向溢出效应。基础研究阶段,产品研究创新全要素生产率形成的外溢效应更明显;应用研究阶段,产品研究创新全要素生产率的溢出效应更显著;产品研究阶段,应用研究全要素生产率具有更明显的外溢效应。结果充分表明现阶段高校与企业、科研机构与企业联系较为紧密而高校与科研机构间互动较少。以政府资金投入作为门槛变量研究其对不同创新主体资金投入的门槛值,结果表明基础研究阶段政府资金投入存在双门槛值、应用研究阶段和产品研究阶段政府资金投入存在单门槛值,实证结果为政府支持创新主体发展提供了可供参考的依据。以创新价值链理论为依托研究创新相关问题,为目前关于创新效率的研究提供了新的角度,为这一理论在相关领域的成熟应用做出了一定的贡献。将创新价值链划分为基础研究、应用研究与产品研究三阶段,将全要素生产率与创新价值链结合,从创新价值链角度测度各省市的创新全要素生产率,并从横向和纵向两个方向对各省市进行对比。以往的文献基本都是考察创新的溢出效应,很少有文献关注创新全要素生产率是否也存在溢出效应,基于价值链考察创新全要素生产率溢出效应。已有的文献都是考虑环境规制的门槛效应,鲜有文献关注政府资金支持创新是否也存在门槛效应,本论文基于创新价值链角度考察政府在每阶段合适的资金投入门槛值。