土目作为土司的佐治官,是土司制度的重要组成部分。在黔西北改土归流的进程中,土司依靠土目力量,使得明廷未能一劳永逸地解决土司问题。至清康熙三年（1664）,清廷通过武力对黔西北进行改土归流,革除土司,设置流官,然而土目并未随土司一起废除。基于基层社会治理的需要,土目在基层社会得以保留,成为流官管理基层社会的代理人。改土归流之初,流官利用内地的管理制度,在改造地方社会的同时,通过干预地方社会争端,试图在改土归流区建立权威,争取地方少数民族的认同。改土归流后土目在基层社会中依然占有大量土地,基层民众成为土目的家奴或佃户,向土目缴纳实物地租,进行无偿劳役,形成了牢固的人身依附关系。至清中期,民众逐渐认同流官权威,尝试利用国家法律保护自身权益,进而对土目权威产生抗衡,于是发生了主奴、主佃之争。流官在惩处家奴的同时,通过一系列规定削弱土目势力。然而此时的士绅阶层还未建立,决定了流官与土目在地方社会的博弈有冲突,也有妥协。至清中后期,经济的发展催生出地主阶层,土地所有权的转移动摇了土目赖以生存的经济基础。学校教育的发展使得士绅阶层崛起,士绅开始参与基层社会政务。乡保制度的推行,政府对基层社会的控制进一步加强。土目势力在基层社会受到各方力量的挤压,为了突破这一困境,部分土目积极学习儒学文化,跻身仕途,进行身份的自我转化。然而,咸同“苗乱”的爆发,对土目势力产生了强势冲击。此后,土目的整体势力日趋落没。至清末民初,传统世家的土目成为封建地主和新兴“土目”蚕食的对象,进一步加速了土目的灭亡。至民国后期,仅有个别势力较大的土目存在。新中国成立后,黔西北的土目彻底灭亡。在此过程中,地方社会逐渐建立起与内地政治、经济、文化的一体化,实现了整体制度下改土归流的彻底完成。