耕地是人类从事各项活动的基础，更关系到国家和社会的稳定。改革开放以来，耕地保护制度作为我国的一项基本国策，一直引起社会和学者们的广泛关注，但随着我国现代化进程的加速，耕地数量逐年减少，耕地质量不断恶化已经成为一个现实问题。在我国耕地价值体系不完善的情况下，耕地资源的生态服务价值往往被低估甚至忽视，这就导致耕地市场价值小于实际价值，农民利益受到损害，保护耕地积极性降低。学者们研究发现，通过耕地保护补偿将耕地正外部性内部化，可以有效提高农民保护耕地积极性，遏制农业用地向非农化转变的速度，合理利用资源，达到最优配置。研究表明，耕地的非生产性功能是耕地价值的一个重要方面，而政府和市场的双重失灵是引起耕地的非生产性功能被忽视的主要原因。构建耕地保护补偿机制可以解决吉林省集体土地所有权缺乏明确主体，农业产效低下和收益不稳定，影响农民保护耕地积极性，地方政府侵占耕地等问题，从而缓解政府与市场双重失灵带来的负面影响；应尽快建立完善耕地保护经济补偿法律法规，强化公众耕地保护意识，加大农业扶持力度，增加农业产效，构建完整的土地规划体系和评估体系。本研究采用层次分析法，构建吉林省耕地质量评价指标体系，确定吉林省耕地质量状况，在剖析吉林省耕地保护补偿中存在的问题基础上，运用外部性理论、产权理论、生态服务功能理论和可持续发展理论等相关理论，从耕地外部性特征和非生产性功能角度出发，论述建立耕地保护补偿机制的重要性并通过收益还原法和意愿调查法核算吉林省耕地完全价值。本文构建了吉林省耕地质量评价指标体系，得到吉林省耕地质量评价得分60.1分，评价结果为一般。在计算吉林省耕地完全价值的基础上，给出了耕地保护补偿标准的范围值，即长春市地区补偿范围为每平米67元-290元，公主岭62元-190元，榆树61元-190元，白城61元-200元，松原62元-240元，吉林63元-250元。吉林省六个市区发放的耕地补偿参考标准价格范围在结果范围之内，说明本文对补偿标准的计算具有可行性，为将来制定耕地补偿标准提供了依据。