近年来,中央政府及长三角各地政府一直努力通过制度设计来引导区域的合作创新,但效果不彰,其原因何在？合作源于共同利益,不合作则源于利益冲突。分析长三角区域创新主体的利益冲突,研究其利益协调机制,对于推动区域研发联盟,提升区域自主创新能力,转变区域经济发展方式,具有十分重要的现实意义。　　 本文根据区域研发联盟的内涵将联盟主体划分为研发主体和制度设计主体,研发主体主要包括企业、高校、科研机构,制度设计主体主要指地方政府。通过江苏省及上海市《2007年工业企业创新调查表》提供的数据,本文对各主体的现状及存在问题进行了考察。通过描述统计的方法,本文发现:目前长三角区域参与研发联盟的主体比例不高;就联盟方式而言,产学研联盟的比例低于企业间的联盟;就规模而言,大中型企业参与区域研发联盟的比例高于小型企业;行业则主要集中于制造业;就地方政府而言,创新投入比例不高,为企业创新提供的有效信息不多,政府政策对创新的影响程度不高。　　 运用多元线性回归方程,研究主体间不同的联盟方式对创新绩效的影响,结果表明:企业间联盟对创新绩效的正向影响较为显著,而产学研联盟对创新绩效的影响则不显著;地方政府创新投入对创新绩效的影响是显著的,而政府的信息提供和政策供给对创新绩效的影响则不显著。　　 上述现象的存在,根源于区域研发联盟主体间复杂的利益关系。各主体之间既存在共同的利益追求,又存在着利益矛盾。共同的利益追求导致合作的建立,推动了长三角的区域研发联盟;利益冲突引发主体的机会主义行为,导致合作关系的破裂,影响联盟的合作与效率。　　 因此,要解决区域研发联盟中存在的问题,就必须对区域研发联盟主体间的利益关系进行协调。本文以机制设计理论为指导,在明确了机制设计目标、原则及执行组织的基础上,进一步研究了协调长三角区域研发联盟主体间利益关系的信息显示机制和激励相容机制。