经过30的改革开放,我国经济建设和对外贸易发展都取得了举世瞩目的成就,截止2009年末我国已经成为了世界第一大进出口贸易国。在取得这一成就的同时,还需要清醒的认识到,我国依然是一个发展中国家,在出口贸易结构中高耗能,高污染产业所占比重依然较大,高附加值的高科技产品出口比重虽有所提高,但大多为加工贸易,以及外资和外资合资企业带来的业绩。当今世界高科技产业是一个国家综合国力和国际竞争力的重要象征,然而目前我国高科技企业大多缺乏自主核心技术,往往只是从事一些为国外企业加工、贴牌生产等产业链低端的工作,生产中的绝大部分利润被国外企业获得。即使在这样背景下,我国依然还经常遭受到国外各种贸易保护和反补贴等调查,贸易摩擦呈现出不断增加的趋势。为扭转这一不利局面,我国必须要加快转变经济增长方式,充分利用好WTO规则中关于R&D补贴等政策措施来规避贸易摩擦风险,加大自主创新R&D投入,提高自主创新能力,并以此来带动产业结构升级,优化出口贸易结构。为此,本文以传统贸易保护理论、战略性贸易政策理论、以及内生比较优势理论中关于后发国家能够通过技术创新、技术引进、技术扩散、模仿创新、变干边学等创新途径提高本国比较优势,减少与先进国家的技术差距,实现比较优势动态转换的思想为基础,得出了自主创新是推动一国比较优势内生化转化,以及出口贸易结构优化升级的最根本原因和动力的重要结论。其中,有效地的政府战略性R&D补贴政策干预措施是推动一国比较优势转换和技术创新,及贸易结构优化的最重要手段之一。在此基础上,本文通过构建数理模型进一步深入考察了政府战略性R&D补贴干预政策对国家技术创新所产生的影响,以及对其政策实施的内外部条件进行了探讨。根据以上理论与模型分析结论,本文对此还进行了实证研究,主要通过利用数理和计量分析方法分别从国家、区域、产业和企业视角考察了我国战略性R&D补贴政策对自主创新的影响效应,以及对我国出口贸易结构中出口商品结构及高技术产业出口贸易结构的影响效应。研究发现战略性R&D补贴政策显著促进了我国以及区域、产业以及企业的自主创新能力,其中战略性R&D补贴政策在对我国自主创新能力影响存在显著的地区差异性；研究还发现战略性R&D补贴政策对我国出口贸易结构优化具有明显的促进作用,在以我国高科技产业为例实证研究中发现对其影响效应存在显著行业差异性。希望通过以上研究,能够为我国今后在实施战略性R&D补贴政策,提高自主创新能力,优化出口贸易结构方面提供一定的理论和现实参考价值。