海南产三个芋螺种类的线粒体基因组研究

来源 :海南大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:taorong19880903
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芋螺用于捕食和防御的各种各样的毒素是巨大的海洋药物宝库。芋螺毒素能特异地作用于离子通道和受体等药靶。芋螺毒素广泛应用于药理学、病理学和神经生物学等的研究,在新药研发领域备受关注。全球约有900种芋螺,并受到海洋生态环境恶化的影响,已有部分种类濒临灭绝。利用芋螺线粒体基因组DNA,对芋螺资源进行分类和鉴定,并研究其遗传进化规律,是芋螺分子分类的一种重要方法。目前在NCBI的RefSeq数据库中所记录的芋螺线粒体全基因组数据仅有9种,而有关海南产的芋螺线粒体全基因组研究尚未见报道。本研究对海南产的三种芋螺,即信号芋螺(Conus litteratus Linnaeus)、黑芋螺(Comus marmoreus Linnaeus)和玉女芋螺(Conus virgo Linnaeus)的线粒体基因组DNA进行了提取,测定了它们的线粒体全基因组DNA序列,并利用这些序列开展了分子分类和遗传进化分析。分别采用改进高盐沉淀法、细胞器/磁珠法和试剂盒提取三种方法,利用芋螺腹足肌肉、毒腺和肝胰脏三种不同组织,对芋螺线粒体基因组DNA的提取方法进行了优化。结果发现,改进的高盐沉淀法最好,利用该方法提取的线粒体基因组DNA,其纯度和产率都很高。根据已知芋螺线粒体基因组DNA全长序列的保守部分,设计了 5对引物,以改进高盐沉淀法提取的线粒体基因组DNA为模板,进行PCR扩增,对扩增产物克隆、测序和拼接,成功获得了信号芋螺、黑芋螺和玉女芋螺三种海南产芋螺的线粒体基因组DNA全长序列。这三种芋螺线粒体因组DNA全长序列的长度分别为:15 577 bp、15 579 bp和15 594 bp。经线粒体基因组DNA序列的翻译分析,发现全长序列中共有37个基因,其中13个是蛋白编码基因,22个是tRNA基因,还有2个是rRNA基因。对三种芋螺线粒体基因组DNA序列,包括从基因组大小、结构和组成等方面进行了全面分析。利用3个类型的数据,即线粒体全长DNA序列,13个线粒体蛋白编码基因和2个rRNA基因,分别进行了系统发育分析,构建了不同芋螺种类的遗传进化树。通过NJ法和ML法,获得了 6种拓扑结构近似的系统发育树。本研究结果对于揭示芋螺线粒体基因组DNA及其基因的组成和功能研究、以及芋螺的分子分类和遗传进化等研究提供了理论知识和新思路。
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