大青杨顶芽cDNA文库构建及ESTs分析

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本实验以大青杨顶芽为材料提取总RNA,使用Clontech提供的Creator. SMART. cDNA Library Construction Kit成功构建了大青杨顶芽cDNA文库,从文库中随机挑选单克隆测序,用表达序列标签(EST)法研究大青杨顶芽的基因表达。平板检测结果表明构建的文库滴度为7.2×106pfu/mL,重组率达97%。PCR检测及序列分析结果表明插入片段平均长度大于500 bp。这表明我们成功构建了大青杨顶芽cDNA文库。从大青杨顶芽cDNA文库中随机挑取3045个单克隆,测序后,经过软件拼接,得到来自1944个Unigene的2218条高质量ESTs,其中包含180个序列重叠群(Contig)和1764个单克隆群(Singletons)。经Nr比对后1944个独立基因中,496条独立基因有明确的功能注释,占总独立基因的25.41%;822条独立基因为未知基因,占总独立基因的42.28%;624条独立基因为未命名蛋白,占总独立基因的32.10%大青杨顶芽cDNA文库经Nr比对后可知文库中也包含有细胞内磷酸激酶、核糖体蛋白等与植物生长发育相关的基因。这些酶和蛋白与植物的生长发育密切相关,为进一步研究杨树生长发育的分子机理奠定了理论基础,也为开发利用杨树基因资源提供了分子生物学基础。
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