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为了避免结核检疫中PPD检测假阳性牛被错误的扑杀,预防奶牛养殖场结核病的流行扩散,维护公共卫生安全,保障畜牧业经济的发展,本研究建立了可以区分结核与非结核分枝杆菌的多重PCR方法,并以石河子地区部分牛场存栏奶牛以及养殖场麻雀为调查对象,进行了初步应用。首先,进行分支杆菌标准株的复苏与培养。试验以结核分枝杆菌H37Ra、卡介苗BCG、禽分支杆菌、胞内分支杆菌、偶发分支杆菌、耻垢分支杆菌、龟分支杆菌为分支杆菌标准菌,其中H37Ra、BCG总DNA取自医学院民族高发病实验室,并完成了分支杆菌主要培养基的配制、龟分支杆菌冻干粉的复苏培养,禽分支杆菌、胞内分支杆菌、偶发分支杆菌、耻垢分支杆菌的培养。其次,为了建立一种快速区分鉴定结核与非结核分枝杆菌的多重PCR方法,以分支杆菌属特异基因32kD,结核分枝杆菌种特异基因MTP40和结核分枝杆菌复合群特异基因IS6110为目标基因,设计合成三对特异性引物,以结核分枝杆菌标准株DNA为模板,通过对PCR反应体系中DNA模板浓度、Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度和TaqDNA聚合酶浓度5个因素的正交设计,以及PCR反应条件中各反应参数的优化,建立了鉴别分支杆菌的多重PCR检测方法,并对该方法的特异性、敏感性进行了验证。结果：该方法对结核分枝杆菌标准株H37Ra能扩增出506bp、396bp和984bp,对卡介苗（BCG）能扩增出506bp和984bp片段,对禽分支杆菌、胞内分支杆菌、偶发分支杆菌、耻垢分支杆菌、龟分支杆菌能够扩增出506bp片段,对大肠杆菌等的扩增结果均为阴性。建立的多重PCR敏感度最低可检出6.6x10-6ng。结论：该方法具有特异性高、敏感性好等特点,可用于奶牛结核分枝杆菌和非结核分枝杆菌的鉴别诊断。最后,参照国家标准GBT/18645-2002进行奶牛结核病的皮内变态反应试验。PPD试验共检测奶牛2624头,其中阳性反应35头,阳性率1.33%（35/2624）；采集皮试阳性牛粪便、鼻腔分泌物各35份,牛场麻雀21只,利用多重PCR进行检测,其中粪便分支杆菌阳性率8.57%（3/35,含1例非结核分枝杆菌,2例牛分支杆菌）,鼻腔分泌物阳性率11.43%（4/35,含2例非结核分枝杆菌,2例牛分支杆菌）,其中仅1例皮试阳性牛粪便与鼻腔分泌物的分支杆菌检测结果均为阳性。麻雀肺组织分支杆菌阳性率9.52%（2/21,2例均为非结核分枝杆菌）。将所有PCR检测阳性样品进行涂片、染色、镜检、病原菌分离培养,仅2例麻雀样品染色可见少量抗酸杆菌,所有样品均未分离出病原菌。结果表明,奶牛结核检疫中存在非结核分枝杆菌感染引起假阳性的现象,养殖场周围环境生物携带分支杆菌病原可能是引起奶牛感染的因素之一。因此,本试验结果为今后奶牛结核检疫与结核病的预防与控制具有重要意义,为奶牛结核病防治措施的制定与实施提供了参考依据。