创新已成为推动区域经济社会发展的不竭动力，它决定着一个地区的竞争能力与发展潜力。2010年1月，国务院正式批复《皖江城市带承接产业转移示范区规划》，安徽省皖江城市带承接产业转移示范区建设正式纳入国家战略，为安徽乃至中部崛起点燃了助推器。三年来，皖江城市带承接产业转移示范区紧紧围绕总体目标进行建设，创新科技成果不断涌现，区域创新能力得到不断提升，皖江示范区八市经济发展迅速，同时也带动了安徽省经济的发展，不断成为安徽经济发展新的“增长极”。评价分析皖江示范区的创新绩效，能有效推进示范区创新体系建设，提升示范区的综合实力，对加速安徽崛起具有重要意义。首先，本文对区域创新系统的国内外研究现状进行总结，主要对区域创新系统的运行机制、建设方面的研究进行分析，对区域创新绩效的评价体系、评价方法及DEA方法的改进方面进行总结，并阐述了相关理论，为本文的研究提供了理论基础。其次，本文对皖江示范区八市的经济及科技发展现状进行了分析，根据指标设计的原则、相关研究及皖江示范区科技统计现状，建立了皖江示范区八市的创新绩效评价指标体系。为了科学、有效、系统地评价示范区的创新绩效，本文选取了皖江示范区八市以及安徽省其它地市进行参照比较，将因子分析与超效率DEA模型相结合，对传统DEA方法中的不足进行改进，先从投入、产出指标体系中提取投入、产出公因子，根据提取出的公因子，运用DEA改进模型—超效率DEA方法对样本的创新绩效进行评价，得出效率值及排名。结果发现：皖江示范区中有五个城市为DEA有效，区域创新绩效总体效果较好，马鞍山、滁州和宣城三市处于非DEA有效状态，需要进一步提高创新资源的利用效率。皖北各市中除了宿州为DEA有效外，其他各市均为非DEA有效，皖北地区的创新绩效水平较差。皖中和皖南的其他城市也都处于非DEA有效状态。最后，根据上述的评价结果，本文对皖江示范区以及安徽省其他地市的创新绩效进行分析，找出创新障碍，并提出了提高创新绩效水平的政策建议。