肠炎沙门菌是一种重要的人兽共患病原菌。人类感染肠炎沙门菌引起的沙门菌病主要临床表现为腹泻,常伴有恶寒、发热,病禽临床表现为腹泻、精神沉郁、食欲减退或废绝。目前,许多发达国家对肠炎沙门菌感染已经取得了有效的防控,人类的发病率保持在相对稳定的状态,然而在我国部分地区报道中肠炎沙门菌仍为优势血清型之一。上世纪八十年代开始,临床分离株中就发现了对氨苄西林、氯霉素、磺胺甲恶唑/甲氧苄啶(复方新诺明)耐药的肠炎沙门菌,近年来随着分离株多重耐药现象愈发严重,耐药谱不断扩宽,通过原有抗菌药物防治的策略已经不能完全解决问题。此外,近年来发现的耐药新基因和机制为肠炎沙门菌的防控带来了巨大挑战。为了解我国部分地区肠炎沙门菌分离株耐药性的流行情况和耐药基因的分布,本研究以361株不同源肠炎沙门菌为研究对象,根据CLSI推荐的微量肉汤稀释法进行药敏试验,定量检测菌株对18种抗菌药物的最小抑菌浓度,分析不同来源肠炎沙门菌的耐药特性和多重耐药情况;调查质粒介导的喹诺酮类药物耐药基因(PMQR)和多粘菌素耐药基因mcr-1在肠炎沙门菌中的流行和分布情况;通过对63株肠炎沙门菌的全基因组重测序信息进行分析,获得了主要耐药基因,分析其与耐药表型之间的关系。1不同源肠炎沙门菌耐药表型与耐药基因型分析本研究测定了我国部分地区2009-2016年间361株肠炎沙门菌对18种抗菌药物的最小抑菌浓度(MIC),结果显示肠炎沙门菌分离株对第一代喹诺酮类药物萘啶酸的耐药率最高,为83.4%(MIC50=512μg/mL);其次为阿莫西林/克拉维酸(60.1%)和氨苄西林(60.1%),对四环素和链霉素的耐药率也较高,均在28%以上;头孢唑啉、呋喃妥因和喹乙醇对肠炎沙门菌已经处于耐药中介值,耐药率分别为22.4%、32.9%和21.8%;对美罗培南、卡那霉素、庆大霉素、环丙沙星、恩诺沙星、氯霉素和多粘菌素E的敏感性较高,耐药率在5%-0.5%左右;而阿米卡星的体外抑菌效果最好,无耐药菌株出现。不同源的肠炎沙门菌对氨苄西林、阿莫西林/克拉维酸、萘啶酸的耐药情况相似,均处在较高水平,对其余15种抗菌药物,耐药率存在一定的差异。禽源菌株对四环素、链霉素的耐药率较高,分别为26.0%和40.7%;人源菌株对头孢唑啉、氨曲南、卡那霉素、庆大霉素、磺胺甲恶唑/甲氧苄啶(复方新诺明)、氯霉素和喹乙醇7种抗菌药物耐药率较高。对不同采集环节的禽源菌株耐药性的比较显示,养殖环节的菌株耐药情况较严重,且耐药谱宽泛,对除阿米卡星外的17种抗菌药物均有不同程度的耐药,孵化环节和市场环节的耐药情况相对较低,其中孵化环节菌株耐药表型主要集中在耐氨苄西林、阿莫西林/克拉维酸、萘啶酸和链霉素,耐药率在37.3%-100%之间。禽源、人源和猪源肠炎沙门分离株的多重耐药率存在一定差异。361株肠炎沙门菌中92.3%的菌株对至少一种抗菌药物表现耐药,58.4%的菌株对至少三种抗菌药物耐药。耐三种和四种药物的菌株比重较大,分别占总菌株数的16.1%和24.4%,主要耐药谱为AMP-A_MC-STR-NAL和AMP-AMC-STR-NAL-CFZ。不同源肠炎沙门菌的多重耐药现象也存在一定的差异,市场环节分离的菌株多重耐药率最高,达69.2%,其次为养殖环节,多重耐药率为60.2%,此结果从一定程度上反应了肠炎沙门菌的耐药性与菌株来源和采集环节有关。通过PCR方法对361株肠炎沙门菌PMQR耐药基因(oqxA、oqxB、qnrA、qnrB、qnrC、qnrD、qnrS、qepA和aac(6’)-Ib-cr)和多粘菌素耐药基因mcr-1进行检测,结果显示:PMQR耐药基因携带率为6.9%,其中以aac(6’)-Ib-cr基因检出率最高,为1.9%。未检测到qnr、qnrC、qnrD和mcr-1基因。2全基因组测序技术在肠炎沙门菌耐药基因检测中的应用选取不同来源的63株肠炎沙门菌,提取基因组进行全基因组重测序,通过与CARD数据库进行比对获得耐药相关基因。63株全基因组测序的菌株均携带13种多重耐药基因(包括外排泵:mdtK、emrA、marA、H-NS、acrR、mdsB、robA、sdiA、ileS多重耐药外排蛋白:acrB-TolC、mdtG、emrG’1种移位酶:mdfA)。预测到与18种测定抗菌药物相关的耐药基因包括:氨基糖苷类药物耐药基因:aph(3")-Ib、alaS、cysB、aph(6)-Ⅰd、aac(3)-Ⅱc、aadA11;β-内酰胺类药物耐药基因:blaCTX-M-55、blaTEM-145、lEM-94、blaCTX-M-3、blaOX4-1、blaTEM-190、blaTEM-1;磺胺类药物耐药基因:sull、dfrA25、dfrA1、su2、dfrA17;四环素类耐药基因tetA、tetC;氯霉素耐药基因catB3。其中氯霉素耐药基因catB3,磺胺类耐药基因dfrA1、dfrA417耐药表型与耐药基因型对应很好,符合率均达到100%。63株肠炎沙门菌中,与氨基糖苷类药物相关的耐药基因共6种,14株同时携带所检测到的6种耐药基因,其与耐药表型的对应率在33.3%-85.0%之间,36.5%的菌株对链霉素耐药,aph(3")-Ib、cysA、cysB的阳性检出率在73.0%左右;β-内酰胺类药物耐药基因blaTEM-145、blaTEM-94、blaCTX-M-3、blaOXA-1、blaTEM-190与氨苄西林、阿莫西林/克拉维酸和头孢唑啉的对应率达到100%,检测菌株对氨苄西林、阿莫西林/克拉维酸和头孢唑啉的耐药率分别为57.1%、50.8%和34.9%,几种耐药基因以blaTEM-1检出率最高,三种抗菌药物对应blaTEM-1基因检出率在63.9%-81.8%左右;四环素tetA基因与耐药表型的对应率为85.7%,63株检测菌株中,18株对四环素耐药,6株未检测到tetA基因,检出率为66.7%;63株检测菌株中,21株携带sul2基因,其中19株对磺胺甲恶唑/甲氧苄啶(复方新诺明)敏感,sul1与复方新诺的对应率为50%,dfrA1和dfrA17与复方新诺明的对应率最好,达到100%,反过来看,11株检测菌株对复方新诺明耐药,其中有9株携带相关耐药基因,磺胺类药物耐药基因检出率为81.8%。