栉孔扇贝（Chlamys farreri）是我国重要的海水养殖经济贝类，曾给我国北方水产养殖业带来巨大的经济效益。自上世纪90年代，我国北方扇贝养殖海区连年暴发严重的栉孔扇贝大规模死亡，经济损失巨大。已有的研究证明，造成扇贝夏季大规模死亡的病因是扇贝急性坏死症（AVND）,其病原为一种球形疱疹病毒——AVNV。已有的研究表明，海区中的浮游生物能携带AVNV，不同浮游生物的携带能力存在区别。为了明确养殖海区携带AVNV的主要浮游生物，有必要首先对养殖海区浮游生物的季节性变化进行分析，了解在AVNV流行传播的关键时期海区浮游生物的主要种类，从而为确定与AVNV流行有关的浮游生物提供参考。为了掌握栉孔扇贝养殖海区真核浮游生物多样性的情况及其变化，建立适合的研究方法。本研究首先采用PCR-DGGE技术分析了2009年6月到2010年6月期间采自青岛流清河湾扇贝养殖海区的9个海水样品中微型真核浮游生物的多样性。依据18S rDNA可变区序列的DGGE分析结果显示，流清河湾扇贝养殖海区微型真核浮游生物包括甲藻、纤毛虫、眼虫、定鞭藻、硅藻、盘蜷虫、隐藻、领鞭毛虫、变形虫和Cercozoan，其中甲藻类和纤毛类生物的最高丰度分别达41%和38.2%，是该海区的优势种类。对各月份DGGE谱带聚类分析结果表明，2009年6、7、8、9月份微型浮游生物群落组成较为相似。此外，发现中肋骨条藻在扇贝发病前后均有分布，结合AVNV已有的研究结果，本研究认为中肋骨条藻是AVNV水平传播的参与者之一，但海区中广泛分布的甲藻和纤毛虫与AVNV传播的联系还有必要进一步研究。为了掌握荣成桑沟湾真核浮游生物多样性的情况，建立适合的研究方法。本研究通过构建克隆文库和PCR-RFLP技术对2010年9月24日采自荣成桑沟湾扇贝养殖海区表层的水样中真核浮游生物多样性进行了分析。海水样品依次经25μm，3μm，0.22μm滤膜过滤分别收集超微型真核浮游生物和微型真核浮游生物，提取基因组DNA，依据18S rDNA可变区序列构建克隆文库，对阳性克隆子进行PCR-RFLP检测，并且测序。研究结果表明，桑沟湾扇贝养殖海区超微型真核浮游生物包括Telonemia、褐藻门（Ochrophyta）、Myzozoa、Haptophyta、隐藻门（Cryptista）、纤毛门（Ciliophora）、领鞭虫门（Choanozoa）、绿藻门（Chlorophyta）、Cercozoa、Opalozoa、盘蜷门（Labrinthulomycota）和Katablepharidophyta的各类浮游生物。微型浮游生物包括Telonemia、褐藻门（Ochrophyta）、Haptophyta、隐藻门（Cryptista）、纤毛门（Ciliophora）、绿藻门（Chlorophyta）、领鞭虫门（Choanozoa）和Cercozoa的各类浮游生物。无论是超微型还是微型真核浮游生物中，褐藻门（Ochrophyta）、纤毛门（Ciliophora）和绿藻门（Chlorophyta）都是主要的类群，这些物种在扇贝养殖海区中具有不同的功能，既有扇贝的饵料生物，也有赤潮生物。中肋骨条藻在该海区微型真核浮游生物群落中被发现，是已被证明的可以携带AVNV的浮游微藻。为了了解青岛流清河湾和荣成桑沟湾超微型真核浮游生物的多样性，比较超微型真核浮游生物群落的周年变化。本研究采用DGGE技术对2010年5月到2011年4月间采自两个扇贝养殖海区表层的海水进行分析。研究结果表明，桑沟湾扇贝养殖海区超微型真核浮游生物多样性高于流清河湾。对两个海区各月份的DGGE图谱进行聚类分析，结果表明桑沟湾扇贝养殖海区超微型真核浮游生物群落，除夏季以外，其群落较为稳定。青岛流清河扇贝养殖海区不同月份的超微型真核浮游生物群落变化较大，相似性较低。本研究说明桑沟湾扇贝养殖海区生态条件较稳定。