改革开放以后，我国逐步建立了以家庭联产承包责任制为基础的农村基本经营制度，解放了农村生产力，促进了农村经济发展，但是全球经济的飞速发展和激烈的市场竞争使这一制度受到严峻挑战。农民专业合作社正是在这一背景下诞生的，作为对家庭联产承包责任制的有效补充，农民专业合作社的出现被看作是促进农业发展的第二次飞跃。本文把农民专业合作社的产权分为所有权、民主监督权和决策权，产权制度是这些产权之间相互联系和相互作用形成的制度安排，产权制度存在问题的就是这三种产权各自存在的问题和集中体现。本文首先分析了我国农民专业合作社的现状，重点分析了当前合作社里社员的异质性现象。进而着重研究了社员异质性结构下的所有权、民主监督权和决策权及其存在问题，指出了产权制度存在的问题的集中体现，包括农民专业合作社资本化的倾向，股权成为合作社剩余索取的关键影响因素，“公共领域”财产引发的道德风险和外部性效应，并进行了案例分析。其次，分析了产生以上问题的原因，社员民主管理意识缺失，管理机构设置不健全，政府和金融机构的支持力度不够，相关法律制度不够完善。最后从加强农民专业合作社的文化建设，强化民主管理理念，构建领办主体与民主管理相协调的运行机制，设计不同权利成分的股权，加强政府和金融机构的支持和引导监管，建立健全法律制度方面提出了完善我国农民专业合作社产权制度的建议。