伴随着我国经济转型和结构调整，非正规就业得到长足发展，成为劳动力市场吸纳就业的主导力量，这引起政府部门及专家学者高度关注，并对其进行了非常有益的研究。本文利用2011年CHNS最新统计数据，基于分位数回归和分解方法，对我国正规就业和非正规就业工资差异进行了比较分析，并重点探讨了非正规就业男性和女性在整个工资分布上差异及导致这种差异原因，结果表明：无论正规就业还是非正规就业性别工资差异都呈现“地板效应”，但前者教育回报率却不及后者；非正规就业男性人力资本在中高分位数段显著，而非正规就业女性在低分位数段显著，总体上男性比女性更有人力资本优势；非正规就业男性和女性工资差异的15.4%是由个体人力资本特征引起的，84.6%的差异是由性别歧视所致；非正规就业性别工资差异在工资分布上呈现先上升后下降的趋势，其中性别歧视导致部分呈现同样的规律，但其所占的相对比重越来越大，而特征差异所导致的部分略有下降。