柯萨奇病毒（Coxsachievirus，CV）和副流感病毒（Parainfluenzavirus，PIV）属于感染呼吸系统疾病的常见病毒。副流感病毒属于呼吸道病毒的副粘病毒科，而柯萨奇病毒属于肠道病毒。它们通过人与人之间直接接触或飞沫传播而引起呼吸系统疾病的发生。上述2种病毒感染的人群主要为免疫功能不全的儿童、老年人或有基础疾病的患者。目前，由病毒引起的呼吸道感染大约占70~80%，而在呼吸系统其他疾病（支气管哮喘急性发作期、慢性阻塞性肺病急性发作期、肺炎、急性气管-支气管炎等疾病）中由病毒感染引起的也占一定比例。所以我们可以认为上述呼吸系统疾病发作除了与其他因素有关外，病毒感染所致也是常见病因之一。由于在世界各地均有关于病毒引起呼吸系统疾病发生的相关报道，并且由于病毒易于传播，可造成相当大的发病率和死亡率，所以病毒引起呼吸系统疾病是一个严重的公共卫生问题。在发达国家，因病毒引起呼吸系统疾病而死亡的患者是比较少见的，但在不发达国家，儿童的死亡率却是相当高的。由于它们易于广泛传播，所以可造成世界各地、各年龄段的人均易被感染而出现相应的呼吸系统疾病，而且由于易被病毒感染的人群多为免疫功能欠佳或不全的人（其中包括儿童），所以可以造成儿童因患病影响学业、社会在医药和治疗上投入大量成本，家属因为照顾病人而影响工作等后果。同时由于病毒引起呼吸系统疾病（急性上呼吸道感染、急性气管-支气管炎、肺炎、支气管哮喘急性发作、慢性阻塞性肺病急性发作）与其他因素引起的呼吸系统疾病无法明显区分，造成我们某些治疗不能达到“病因治疗”的标准，这就使我们意识到对病毒的早期诊断是解决上述问题的关键。目前临床上对病毒的诊断方法主要包括：病毒培养、免疫荧光法、非免疫荧光法等试验技术。但由于上述方法存在耗时长、灵敏性或特异性欠佳等方面的不足，使其在临床上取得的效果欠佳。而近些年出现的针对病毒核酸的检测方法使得我们又看到了检测病毒的“曙光”，其中，基因芯片技术就是该检测方法的杰出代表。本实验通过查阅文献，明确柯萨奇、副流感病毒感染呼吸系统的常见亚型，然后根据GenBank中刊载的CV-A16、CV-A7、PIV-1的基因全序列，通过比较，使用生物学软件设计关于三种病毒亚型的基因序列、相应的引物及探针，进而制备检测上述病毒的基因芯片。本实验共分为以下2步：1．3种亚型病毒的保守基因序列、及相应的引物及探针的设计：本实验首先通过查阅文献，明确柯萨奇、副流感病毒感染呼吸系统的常见亚型，然后根据GenBank中刊载的CV-A16、CV-A7、PIV-1的基因全序列，使用生物学软件DNAStar和AccelrysDS gene4.0对上述三种亚型病毒的基因全序列进行比较，确定出相对保守序列，而后使用Primer5.0等生物学软件设计检测相应病毒亚型的引物及探针，送外合成。待合成好后对含有目的片段的质粒进行酶切及PCR的检测。2．基因芯片的检测及应用：本实验主要包含对芯片检测的灵敏性、特异性及重复性的研究及对套式PCR对芯片杂交效率的研究。本实验对3种不同亚型病毒等比拷贝数稀释的芯片及套式PCR进行了比较。得出结论：所制备的基因芯片灵敏度、特异性较套式PCR高，同时证明了所制备的芯片的重复性较稳定。柯萨奇病毒—A16的基因芯片最低有效拷贝数是：2.86×102/μl。柯萨奇病毒—A7的基因芯片最低有效拷贝数是：2.37×103/μl。副流感病毒-1的基因芯片最低有效拷贝数是：2.67×102/μl。柯萨奇病毒—A16的套式PCR最低有效拷贝数是：2.86×103/μl。柯萨奇病毒—A7的套式PCR最低有效拷贝数是：2.37×104/μl。副流感病毒-1的套式PCR最低有效拷贝数是：2.67×103/μl。