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本论文对来自中国安徽、福建、浙江、江苏省的 14 株鸭源和来自中国四川的 2株鸡源的禽流感病毒(AIV)分离株进行了亚型鉴定、全基因序列测定和分析,从中挑选出 8 个毒株用于鸡的致病性试验研究。 16 株禽流感病毒的序列分析:经亚型鉴定,确认 16 株流感病毒中,12 株为 H3亚型流感病毒,其中 1 株 H3N2 亚型, 1 株 H3N6 亚型,10 株 H3N1 亚型;4 株为 H4N6亚型。通过提取病毒的核酸、设计特异性引物,用 RT-PCR 方法扩增所有毒株的各个基因片段、克隆到 pMD18-T 载体、测序、拼接序列等一系列步骤,最后绘制进化树。 H3 亚型 HA1 基因进化分析结果:本研究 10 个 H3N1 亚型分离株和 1 个 H3N2 亚型分离株聚成一支,它们与 1963 年乌克兰病毒分离株 A/Duck/Ukraine/1/63(H3N8)同源率最高,达 87.7%～88.7%;分离株 DK/SZH/1/02(H3N6)另成一支,其与 A/Aquartic Bird/Hong Kong/399/99 (H3N8) 同源率最高,达 95.4%。两分支间同源率为 86.6%～87.5%。 10 个 H3N1 亚型流感病毒分离株的 N1 基因形成一个独立的小分支,它们之间同源率达 98.7%～100%,与基因库中的 Env/HK/437-6/99(H5N1) 同源率最高,在93.3%～93.8%之间。DK/AH/271/02(H3N2)毒株的 N2 基因与基因库中的A/Ostrich/South Africa/9508103/95 (H9N2)的同源率最高,达 94.3%。 12 个 H3 亚型毒株的 NP 基因中,DK/AH/271/02(H3N2)、 DK/SZH/1/02(H3N6)与 AQUB/HK/399/99(H3N8)、DK/GD/40/00(H5N1)聚在一起,两个分离株 DK/AH/271/02(H3N2)与 DK/SZH/1/02(H3N6)的 NP 基因同源率为 96.1%,其余 10 个 H3N1 亚型的NP 基因与 SW/Fujian/1/03(H5N1)的形成一小分支,此小分支的 H3N1 亚型分离株之间 NP 基因同源率为 96.6%～100%。 H3 亚型分离株 M 基因分为两个分支,其 中 DK/YZH/314/03(H3N1)、DK/YZH/341/03(H3N1) 、 DK/SZH/1/02(H3N6) 聚 成 一 支 , 它 们 与WDk/ST/1737/00(H6N8)的 M1 基因核苷酸的同源率最高;其余分离株另成一支,它们与 DK/Primorie/2633/01(H5N3)的 M1 基因核苷酸的同源率最高。两支分离株之间,M1 基因的同源率为 93.3%～94.9% H3 分离株的 NS 基因分为 A 和 B 两组,本研究的 DK/YZH/314/03(H3N1)、DK/YZH/341/03(H3N1)、和 DK/SZH/1/02(H3N6) 分离株属于 B 组,而其它分离株归 A组。 H3 亚型分离株的 PB2 基因分为 4 个小支。DK/SZH/1/02 为一支,DK/AH/271/02为另一支,DK/YZH/314/03 和 DK/YZH/341/03 在一起,其余 H3N1 分离株为一支。后两支间的同源率仅为 87.9%～88.3%。