为保护野生翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)的种质资源以及加强遗传育种的进程，本研究利用实验通过鳜鱼转录组高通量测序获得的大量unigenes序列开发微卫星引物，从中随即选取600个unigenes，共筛查到含有SSR位点的unigenes有120个。然后分别从赤壁、常德和怀化三个地方进行采样，将获得的3个翘嘴鳜野生群体进行DNA提取。利用设计并合成好的SSR引物分别对3个翘嘴鳜群体的DNA进行PCR扩增，其中91对引物能扩增出稳定的条带。接着通过琼脂糖电泳、聚丙烯凝胶电泳验证，最后筛选出22对具有多态性的微卫星标记。实验将这22对多态性的微卫星标记在3个翘嘴鳜野生群体中进行遗传多样性分析，结果表明，这些标记在3个群体中均表现出了丰富的多态性。实验共在这22个多态性微卫星位点中检测到134个等位基因；各个基因座观测等位基因数为4-8个；平均等位基因数为6.0901；观测杂合度是0.6754；期望杂合度是0.7487；多态信息含量为0.7010，这表明了3个翘嘴鳜群体在各检测位点中具有较好的多态性。接着对数据进行F-检测，结果显示平均Fst值为0.0383，说明3个翘嘴鳜野生群体间的遗传分化程度低；而群体遗传相似度和遗传距离的计算结果显示：常德和怀化群体的遗传相似度最大，遗传距离最小；而常德与赤壁群体的遗传相似度最小，遗传距离最大，这恰恰与翘嘴鳜群体的流域分布一致，赤壁的群体来自湖北省的陆水水库，而常德和怀化的两个群体来自湖南省的沅江流域。