肺腺癌CircRNA芯片筛选及其调控机制探讨

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目的利用基因芯片技术,筛选出肺腺癌特征性circRNA,并探讨这些circRNA在基因调控中的作用,进而确立在肺腺癌进一步临床验证的靶circRNA,为肺腺癌新型分子标志物开发和分子靶向治疗研究打下基础。方法收集6例肺腺癌患者手术切除组织中的癌组织和癌旁非癌组织配对标本,进行RNA提取,反转录等处理后进行芯片检测,获取扫描图像后进行数据的处理,结合基因文库资源,通过软件处理分析其基因调控机制。通过特征比对,确定下一步临床验证的circRNA。结果1肺腺癌组织与癌旁非癌组织circRNA表达谱有差异。与癌旁非癌组织相比,肺腺癌组织探针CBC1上调表达circRNA 595个,下调表达circRNA 41个。两种探针同时差异表达,上调表达circRNA 105个,下调表达11个。(P≤0.05,同时FC(abs)在2.0倍以上)。2采用已知的代谢和信号通路数据库及疾病相关数据库,对每个circRNA进行了通路、疾病以及功能的注释。3 hsacirc0000576是肺腺癌典型的circRNA,为下一步临床验证的靶circRNA。结论1肺腺癌circRNA芯片筛选获得了肺腺癌特征性circRNA表达谱,结果呈现上调表达105条,下调表达11条。2结合现有基因文库资源,使用KOBAS软件分析处理,确定了肺腺癌circRNA表达谱每个circRNA通路、疾病以及功能的注释和作用的miRNA靶点。也分析了这些肺腺癌特征性circRNA显著富集的通路、显著富集的疾病和显著富集的Gene Ontology条目。模拟了生物学过程、细胞组分和分子功能三个层面Gene Ontolog功能层次网络图。3确立了circRNA hsacirc0000576作为在临床66例肺腺癌患者验证,及探讨与肺癌患者年龄,性别,吸烟状况和不同T、N分期等临床特征相关性研究的靶circRNA。
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