本文综合运用形态解剖、染色体核型分析和DNA测序技术对瘤背石磺(Onchidium slruma)和石磺(Onchidium verruculatum)的种间差异进行分析。 (1)显微观察经NaOH溶液处理的瘤背石磺和石磺的齿舌形态，运用差异系数法对两种石磺齿舌参数(齿舌长、齿舌头宽、齿舌中宽、齿舌尾宽、横列数、每排最少齿片数和每排最多齿片数)进行比较分析；利用SPSS10.0软件对瘤背石磺、石磺齿舌参数与个体参数(体长、体宽、体高、足长、足宽和体重)作回归分析。结果表明，两种石磺齿舌都很发达，外观呈长统靴状；瘤背石磺齿舌横列数为66～85列，每一横列中央齿一枚，侧齿10～102个，石磺齿舌横列数为66～88列，中央齿一枚，侧齿5～90个，均为无缘齿型齿舌：其中两种石磺的齿舌头宽、齿舌中宽和齿舌尾宽差异极显著，但差异系数小于1.28，认为齿舌参数不适合作为石磺属贝类的分类依据之一；但两者的中央齿和侧齿形态有明显的种间差异。 (2)以两性腺为材料，采用秋水仙素一氯化钾(KCL)一卡诺氏固定液的处理方法，通过滴片法和火焰干燥法制备染色体标本，统计染色体数目；运用Micromeasure3.3软件测量染色体长度：利用SPSS软件中的单因素方差分析法统计染色体的相对长度与着丝粒指数的差异显著性。结果显示，瘤背石磺和石磺的染色体数目均为2n=36，其核型公式分别为2n=26M+10SM、2n=30M+6SM；两种石磺的7号染色体相对长度存在显著性差异(P＜0.05)，5、6号染色体的着丝粒指数存在显著性差异(P＜0.05)，其余染色体的差异性不显著(P＞0.05)。说明两种石磺的染色体类型均为中部着丝粒染色体核亚中部着丝粒染色体，属于比较原始的染色体类型，由于种间染色体参数(相对长度、着丝粒指数等)的差异程度没有明显的界限，至今难以将其作为石磺种间的分类标准。 (3)对我国五个地区的24个石磺个体及越南的5个石磺个体的线粒体细胞色素氧化酶亚基1(COI)基因部分序列序列进行了测定和分析。扩增片段长度为642bp， T、C、A、G碱基平均含量分别为39.4％、16.5％、23.7％、20.4％，扩增片段A+T含量远高于G+C含量，这一现象也在其他贝类中普遍存在。获得的29个COI序列可分为23个单倍型。江苏、上海及浙江三地群体之间的遗传距离仅为0.004.；这三地群体与海南群体的遗传距离为0.140，与福建群体的遗传距离为0.206，与越南群体的遗传距离达到了0.216；海南群体与福建群体的遗传距离为0.208，海南群体与越南群体的遗传距离为0.249：福建群体与越南群体的遗传距离为0.211。序列特征、遗传距离和系统分化等分析结果表明，若用COI基因作为分子标记，则石磺属贝类种间的遗传距离应该大于0.206。结合形态特征、生活习性和繁殖生态可以得出，海南群体与江浙沪群体应该为同种的不同地理居群。综合遗传距离及系统发育树，初步认为越南群体应该与Onchidium verrucosum Voucher 是同种。