国家重点生态功能区转移支付制度是一种我国目前中央对经济落后、生态环境重要地区的直接、集中、持续的主要资金补助手段,是一项重要的一般性财政转移支付制度,是我国生态补偿体系中必不可少的一环,实施近十年来,为我国生态文明建设提供了有效的助力。但是,我国现行重点生态功能区转移支付制度也存在一些问题,阻碍了该制度更加有效地为生态环境保护服务。本文分以下几个步骤对国家重点生态功能区转移支付制度展开研究:首先,梳理生态补偿和生态转移支付等相关文献,找到生态转移支付制度的理论基础。其次,梳理我国生态补偿体系,找出国家重点生态功能区转移支付制度在体系中的定位,并跟踪我国重点生态功能区转移支付制度的历史沿革和制度变迁,从中央和地方两个层面全面展示了我国重点生态功能区转移支付制度的现状。然后对我国重点生态功能区转移支付制度实施以来的实际效果从评价标准和考核结果方面予以展示。第三,对新安江流域生态补偿和转移支付试点案例进行分析,找到其中的经验和存在的问题。第四,对我国现行重点生态功能区转移支付制度中制度定位、补助范围、测算办法、奖惩和绩效考核、横向转移支付等方面存在的问题进行讨论。第五,借鉴国外生态补偿和生态转移支付的实践经验,结合我国特点,形成对我国生态补偿和生态转移支付改革的参考启示。最后,根据本研究中发现的问题以及当前的社会环境和现实状况,提出了对我国重点生态功能区转移支付制度的改进建议。本研究得出以下结论和建议:国家重点生态功能区转移支付制度实施近十年以来,切实提升了我国生态功能区的面积和生态环境的质量,为我国生态文明建设作出了相当的贡献,但是转移支付制度还存在着一些问题,影响了转移支付资金的管理水平、使用效率和绩效,同时对全国生态环境保护工作的支持也尚未达到最优。对重点生态功能区转移支付制度的完善,本文提出三点主要建议:第一,完善国家重点生态功能区转移支付制度,明确政策导向、规范管理资金使用用途、扩大补助范围、调整资金分配依据、建立转移支付范围的动态调整机制、完善绩效考核机制。第二,有机结合其他政府和市场化生态补偿手段,探索横向转移支付机制,建立生态补偿基金,形成合力共同为我国生态文明建设提供助力。第三,加强信息披露,引入第三方评价机制,强化舆论监督,确保生态补偿和生态转移支付体系的运转公开透明。