论文部分内容阅读
第二代高通量测序技术近年来已广泛地应用于大规模、快速、高效检测与癌症相关的基因突变。大肠癌是临床上常见的消化道恶性肿瘤。研究发现,Wnt信号转导途径中的组成成员与其上游调控基因、下游靶基因都与大肠癌相关。因此,本研究应用NimbleGen序列捕获技术结合第二代测序技术以及后续的生物信息学分析,对大肠癌相关的31个基因以及上、下游区域进行单核苷酸多态性分析。首先,我们应用Nimble Gen序列捕获芯片对30例中国大肠癌病人的癌症及癌旁组织的31个大肠癌相关基因序列及其上、下游基因区域进行捕获,然后使用Solexa测序仪器进行目标区域测序,并对得到的短序列数据进行相关SNP位点检测的生物信息学分析。分析结果表明,我们总共检测到2416个SNP位点,其中748个为新的变异位点。在这些突变位点中,我们发现14个为非同义突变,30个同义突变与76个发生在UTR区域的突变。进一步分析发现,在14个非同义突变中,发生在基因MSX2上的突变A197T与发生在TRIM28上的突变C209F可能与癌症相关；新同义突变chr13:114288328_CT是一个终止突变,可能会导致TFDP1基因转录的提前终止；UTR区域的SNP rs111773256被预测位于STK11基因与miR-326/330/330-5p的结合位点上。在随后的SNP大样本分型验证中,12个SNP位点有9个通过了质量控制。接着我们应用显性遗传模型计算方法对这9个位点进行生存分析,发现其中rs3106189与rs1052918用显性遗传模型计算时使得大肠癌患者生存时间变好,而rs3106189在用可加遗传模型时显示大肠癌患者生存更好。这些结果表明,在此研究中,我们所建立的第二代目标测序技术及相关的生物信息学分析的方法,可以检测出与大肠癌相关的基因突变位点,并可推广到其它癌症。