中国九十年代高校合并是继五二年院系大调整后又一次大规模的高等教育改革措施，改革是在经济转轨、社会转型，科学技术迅猛发展的背景下进行的，其目的是改变不符合社会发展要求的“条块分割”办学格局与过于狭窄的人才培养模式，提高办学质量和效益。由于合并本身是一项创新，因此并无经验可循，在合并过程中不可避免出现了诸多新问题，如校区分散、规模巨大；文化相斥，学科难融；权力、利益冲突彰显等等，而传统体制的弊端依然存在，因此，只有通过校内管理体制创新才能理顺各方面关系，解决各种弊端，革故鼎新，使合并后的高校在新的起点上开始腾飞。 本文以合并高校为研究背景，以内部管理体制为研究对象，以体制创新为研究目的构成一条研究的主线。通过综合运用高等教育学、高等教育管理学、组织学、社会学、管理心理学、系统理论等相关理论，从组织目标、组织结构、权力分配、运行机制四个构成要素对高校管理体制进行了分析，并从创新属性、外部影响因素、内部影响因素三个主要方面分析了体制创新的影响因素，为合并高校管理体制创新提供了理论依据与创新思路。最后从操作层面提出合并高校管理体制创新应当通过共同愿景凝聚人心，三权制衡落实民主，网络扁平组织结构充分授权，开放式管理体系加强沟通，信息技术辅助管理五条策略供高校创新实践时参考。