命门学说是从本体论出发,研究生命系统并指导临床应用的中医理论。命门学说是整个中医理论的框架,框架的核心是“道生一,一生二,二生三,三生万物。万物负阴而抱阳,冲气以为和。”“易有太极,是生两仪,两仪生四象,四象生八卦。”“一曰水,二曰火,三曰木,四曰金,五曰土。”、“精气神”。四种本体论柔和在一起的先秦哲学。“道”与“易”言体,“道”言体之化,化中求变,化中参悟“人”；“易”言体之变,变中求化,变中参悟“人”；“五行”与“精气神”言用,“精气神”言用中之动,动中求静,动中参悟“人生”；“五行”言用中之静,静中参悟“人生”。四者,中国哲学的基石,命门学说的核心内容,也就是中医理论核心。本论文主要分为六部分：第一部分是命门与太极关系之概述。重点阐发命门本体论,以及太极、命门、命门学说、《内经》理论基础及关系。第二部分是命门学说理论的形成与发展。“命门”一词比较早的是在《内经》中的“目”说,但本论文所言命门学说肇始于《难经》对命门精神的表述,经宋明理学的影响,成熟于明代三大命门学说：孙一奎动气命门学说,张景岳水火命门学说,赵献可君主命门学说。命门学说可以说与道教内丹术是同一理论,内丹术的发展也是命门学说在中医界以外的成熟路线。第三部分是“命门学说核心”图；内经理论框架：“终极命门学说”图；内经理论框架背后的太极图,周敦颐对太极的表述,以及本人改善的周敦颐太极图。第四部分是如何理解太极,从儒家言退而求其次,释家言不昧因果,道家言道法自然,医家言逆从阴阳,可理解为自限以致用。第五部分是自限以致用的个人修身与医家的治病(命门学说的临床应用)。个人修身已达到合于太极的神圣,神圣是本文化内的代表,起着主要的传播本文化的使命,比如老子、孔子、庄子、释迦牟尼就是中国文化发扬光大屹立于世界不倒的神圣,更是中医理论的开创与传播的主要代表,中医要想继续造福人类就不可能缺少理论的继承与发扬的大家,而大家无不修身养性,静坐是所有提高自己修养的最好方法之一,而这些以知识为基础,知识现代已经普及,自用学习知识就够了,自用且要传播则必须格物、致知、诚意、正心、修身、齐家、治国、平天下。第六部分是命门学说的临床应用。以张景岳对“命门、大宝、真阴”的论述为代表,创立左右归丸、左右归饮,核心药物是：补阴以熟地、甘草、山药、枸杞为主化裁加减；补阳以附子、熟地、肉桂、甘草为主化裁加减。以及孙思邈心肾相交理论。关于心肾相交用药,从孙一奎的著作中找到一些内容,其中核心药物是茯苓。心肾相交理论主要是来自道家内丹术的命门水火,内丹术的命门水火又来自外丹术的铅汞,与内经的水火既济,水火未济两卦。