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目前防治鸡球虫病的主要手段仍然是药物防治。然而，大量抗球虫药物的使用不可避免地使球虫对各种药物产生了抗药性。因此，对球虫抗药性的研究是当前的一个重要课题。
本试验选择柔嫩艾美尔球虫豪顿株(Eimeriatenella，Houghtonstrain)作为母源株(即敏感虫株，记做MON-S(o))，分别以100mg/kg与125mg/kg莫能菌素作为初始诱导浓度，在实验室内经过35次传代后，分别以雏鸡盲肠病变记分(LS)、卵囊产量(OP)、最适抗球虫活性百分率(POAA)、病变记分减少率(RLS)、相对卵囊产量(ROP)和抗球虫指数(ACI)四项参数以及综合抗药性指数(GI)作为抗药性判定指标，对两个诱导株进行了抗药性评价。结果表明，本试验成功地诱导出了对不同浓度的莫能菌素(125mg/kg和200mg/kg)分别具有不同程度抗药性的两个抗药虫株(分别记作MON-R(o)-1和MON-R(o)-2)。再对各诱导虫株进行单卵囊传代和单孢子囊传代，分别得到一个抗药性更强的子株，为后期进一步探讨球虫抗药性机制提供了很好的模型。
对球虫进行子孢子的提取和纯化(敏感虫株与两个抗药虫株的子孢子分别记做(MON-S(s)、MON-R(s)-1和MON-R(s)-2)。分别对各虫株子孢子膜的流动性(测量DPH在膜内的荧光偏振值)、子孢子内Na+/K+浓度(原子吸收法)以及膜上Na+-K+-ATP酶(比色法，通过ATP试剂盒检测)的活性进行检测。结果表明，敏感虫株子孢子膜的流动性、子孢子内Na+/K+浓度以及膜上Na+-K+-ATP酶活性均高于抗药虫株子孢子膜的各相应指标，即MON-S(s)的膜内DPH荧光偏振值、Na+/K+浓度以及Na+-K+-ATP酶活性的测量值分别为：0.267、9.9/7.5、5.05；MON-R(s)-1分别为：0.284、7.9/6.3、4.37;MON-R(s)-2分别为：0.195、7.7/6.3、4.52(其中DPH偏振值越高，膜流动性越低)。同时又发现，经过1.0μg/ml莫能菌素作用1小时后，MON-S(s)的三个指标分别升高48.6％、81.3％/61.82％、62.7％；MON-R(s)-1分别升高27.0％、69.93％/63.30％、52.1％；MON-R(s)-2分别升高19.7％、38.31％/32.14％、41.3％。
通过给雏鸡接种柔嫩艾美尔球虫敏感虫株和莫能菌素抗药虫株，对莫能菌素与马杜霉素的交叉抗药性进行了研究，结果发现马杜霉素仍然能够很好地控制住莫能菌素抗药虫株所引起的鸡球虫病。同时又研究了马杜霉素对敏感虫株与莫能菌素抗药虫株子孢子膜流动性和Na+-K+-ATP酶活性的影响，结果表明马杜霉素对敏感株与抗药株的作用没有明显差别。这些试验结果揭示了两种药物之间没有明显的交叉抗药性。
综上所述，柔嫩艾美尔球虫对莫能菌素产生抗药性的机制可能与子孢子膜的几种生理生化指标发生了一系列变化有关(如子孢子膜的流动性、子孢子内Na+/K+浓度以及膜上Na+-K+-ATP酶活性等生理生化指标的测量值均有所降低)。