本文首次采用RAPD、SSR、mtDNA D-loop等分子标记从分子水平上对原产地沙皮犬种质群的遗传背景进行了系统研究，旨在为保护和利用中国沙皮犬提供科学依据。研究的主要结果如下： 1、通过种质的调查，总结了中国沙皮犬在原产地及我国的现状、问题和对策；进行了沙皮犬的种质样品采集，得到原产地的大部分中国沙皮犬的血液样品，提取总DNA存入资源库保存，并建立了原产地中国沙皮犬的品种谱系档案。调查结果表明，目前有3种外形不同的沙皮犬类型，但名字仍然是一个，导致标准不一，种质混乱，且沙皮犬在原产地和全国的状况很不乐观，整个沙皮犬种数量极少，正面临着灭绝的危机。 2、在不清楚沙皮犬遗传背景的条件下，本试验利用随机扩增多态DNA (RAPD)分子标记技术，快速检测和分析了沙皮犬种质群的结构及相互关系。筛选出12个重复性、多态性好的随机引物，共扩增出70个位点，分子量在250—2000bp之间，共享带数为6条，多态性高达91.42％，说明沙皮犬群体存在丰富的遗传多样性。 RAPD的聚类分析的结果表明：大部分骨嘴型沙皮犬个体和肉嘴型沙皮犬个体能分别聚在一块，与其各自的外部形态基本相符，初步从分子水平为沙皮犬各类型的区分和沙皮犬的繁育生产提供技术指导和理论依据。同时，本研究RAPD的初步结果也提示了我国另一个犬品种．川东猎犬可能与沙皮犬有一定的亲缘关系。 3、利用微卫星DNA(SSR)标记技术对原产地沙皮犬各类型的种质DNA多态性进行了检测和评估。筛选出20个表现较好的多态性位点，共检测到272个等位基因，平均每个位点为13.6个。研究结果表明，各位点在整个沙皮犬种群表现出良好的多态性，说明了作为濒危动物的沙皮犬，其遗传多样性并非贫乏。 等位基因频率的统计结果表明，各SSR位点上各等位基因的基因频率在不同类型沙皮犬间是不同的，这表明了3个类型的沙皮犬在遗传上已存在着一定的差异。并且，某些SSR位点的等位基因只在某一个类型的沙皮犬中才能够检测到。在16个SSR位点中，3个类型沙皮犬群体中共检测到52个特有的等位基因，占总数的19.12％。所有SSR标记位点在整个沙皮犬群体的杂合度(H)在0.567847到0.932305之间，大部分都在0.8以上，整个沙皮犬群体的平均杂合度为0.8259，说明这些SSR位点具有很高的多态性；所有SSR标记位点在整个沙皮犬群体的多态信息含量(PIC)在0.535209到0.92256之间，全部大于0.5，也说明了SSR位点具有高度的多态性。 3个沙皮犬类群间的遗传距离和聚类分析表明，骨嘴型沙皮犬与骨肉嘴型沙皮犬距离较近，与肉嘴型沙皮犬的遗传距离较远，且骨肉嘴型沙皮犬与肉嘴型沙皮犬距离相对要近些，与RAPD结果一致，说明3种沙皮犬类型己产生了一定的距离，为沙皮犬不同品系的划分提供了理论依据，从而解决沙皮犬种质混乱的局面。 4、mtDNA D-loop分析的结果表明，全部样品的PCR可在720bp左右扩增到清晰的片段。经过测序、比对和裁剪，大部分样品可用于MEGA3-1软件分析的序列长度为569bp，处于报道的家犬mtDNA全序列中15479-16047bp的相对位置。 单倍型的分析结果表明，85个沙皮犬个体共有21种单倍型，单倍型多样度为0.936，结果表明沙皮犬种质群的mtDNA存在着丰富的多样性，再一次说明了濒危动物的遗传多样性不一定贫乏的观点。 NJ树、ML树和中介网络图分析表明，沙皮犬的大部分mtDNA单倍型都落入Savolainen等人研究的A枝中，在单倍型很少的B、C、E枝中也有部分中国沙皮犬分别聚在其中，并首次发现中国家犬拥有E枝系的单倍型。由于沙皮犬作为一个品种且原产地在中国广东，其mtDNA单倍型能有这么大的差异，反映了沙皮犬丰富的mtDNA遗传多样性和母系遗传背景的复杂，支持了东亚是家犬的一个起源和驯化中心，且有多个母系起源的观点。结果还启示我国广东也有可能是世界家犬的一个起源和驯化中心，在世界家犬起源和驯化中可能起着重要的作用。 本研究首次从分子水平证明了沙皮犬是一个古老的犬种，可能是现代家犬的祖先之一，可为以后深入研究世界家犬的起源提供一个我国的备选犬种。另外，mtDNA分析的结果再次提示川东猎犬与中国沙皮犬有较近的亲缘关系。