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本研究对上海原水和自来水中隐孢子虫和贾第虫的存在情况、污染来源以及是否具有潜在致病性等特征进行了调查。所有水样都采取美国国家环保局(EPA)方法1623进行处理。50个原水水样中,16个(32%)为隐孢子虫阳性,密度为1.8-22个/10L,9个(18%)为贾第虫阳性,密度为1-8个/10L。对于原水,我们同时采用碳酸钙絮凝(CCF)的方法进行处理,CCF方法检出隐孢子虫阳性样品12个(24%),贾第虫阳性样品5个(10%),密度分别为1-16个/10L和1-4.5个/10L。CF和PCR联合检出隐孢子虫阳性样品14个(28%),与EPA1623检测的结果(32%)具有可比性,且较前者更为经济有效。本研究发现隐孢子虫在冬季的阳性率比较高,秋季和夏季次之,贾第虫在冬季和夏季的阳性率也比较高。PCR方法共检出17个隐孢子虫阳性,其中Cryptosporidium andersoni在14个样品中检出,为最主要的基因型,其次是C. suis (6个样品中检出),这说明上海原水中隐孢子虫污染主要来源于牛和猪。另外还发现了C. baileyi, C. hominis和C. melegridis,分别在1到2个样品中检出。基因分型结果表明,上海原水中存在能够使人类致病的隐孢子虫虫种,但由于检出的数量不多,所以对人类健康带来的风险不大。值得注意的是我们在30个自来水样中也检出了隐孢子虫(2个),这就提醒我们应该保持警惕,采取措施保证公众饮水安全。