对于山西老陈醋来说,大曲的质量好坏对于食醋的品质和风味都有着很大的影响。而造成大曲品质差异的本质原因就是大曲中的微生物种群和其所产生的酶系存在较大的差异,故大曲微生物的种类和菌群结构非常重要。本研究采用宏基因组高通量测序技术研究11个醋厂大曲中菌群结构的差异性,对大曲的基础理化、有机酸、挥发性风味物质进行比较,探究大曲菌群结构与品质相关性,结果如下:（1）采用llumina Miseq高通量测序技术分析不同醋厂大曲样品。结果表明:紫林及宁化府大曲中细菌、霉菌、酵母菌生物量相对于其他的大曲样品较高,灯山井大曲中的芽孢菌和乳酸菌生物量显著高于其他样品。灯山井细菌数量丰度相对较高,细菌种类的多样性最大;11个大曲的菌群结构分布差异显著,紫林、东湖、通宝和四眼井大曲主要的细菌属为乳杆菌属,肠杆菌属,立克次体菌属和放线菌属。晋源、双楼、玉根、宁化府和山河大曲主要的细菌属为芽孢杆菌属,泛菌属,魏斯氏菌属,链霉菌属和克氏杆菌属。灯山井大曲主要细菌属为乳杆菌属,毛螺旋菌属,芽孢杆菌属及糖多孢菌属;格万大曲主要细菌属为乳杆菌属,魏斯氏菌属和片球菌属。（2）紫林、东湖、四眼井和通宝大曲真菌菌群结构较为相似,主要的真菌属为假丝酵母属,维克汉姆酵母菌属,曲霉属。晋源、双楼、玉根、宁化府和山河的大曲主要真菌属为复膜孢酵母属,曲霉属,根毛霉属和嗜热子囊菌属,灯山井大曲主要真菌属为复膜孢酵母属,嗜热子囊菌属和曲霉属;格万大曲主要真菌属为曲霉属,根毛霉属和嗜热子囊菌属。（3）研究11个不同醋厂大曲理化、酶活、有机酸、挥发性风味物质。结果表明:格万大曲中酸度、蛋白酶、糖化酶及纤维素酶的活力最高。宁化府大曲中氨基氮的含量最高,东湖、紫林、格万、晋源和玉根这五个厂的大曲氨基氮含量均在0.30-0.33g/100g之间。（4）有机酸聚类结果及PCA分析表明:宁化府、山河大曲有机酸谱相似,紫林、玉根、灯山井、晋源大曲有机酸谱相似,双楼、东湖、四眼井大曲有机酸谱相似,通宝、格万大曲的有机酸谱相似。山河、晋源大曲与酒石酸、乳酸、琥珀酸等相关性较大,宁化府、通宝和格万大曲与乙酸、丙酮酸、草酸等相关性较大,紫林大曲与苹果酸和柠檬酸有较强相关性。挥发性风味物质聚类结果及PCA分析表明:山河、宁化府及紫林大曲挥发性风味物质谱相似,其余8个大曲样品的挥发性风味物质谱相似。玉根大曲与异戊酸乙酯、乙酸乙酯、正丁醇等风味物质具有相关性;灯山井、宁化府、山河、紫林大曲与乙酸异戊酯、壬酸甲酯、乙醇、醋酸、壬醛等风味物质具有相关性,晋源、双楼、格万和四眼井大曲与庚酸乙酯、苯甲醛、3-羟基-2-丁酮、2,3,5,6-四甲基吡嗪等具有相关性,东湖和通宝大曲与己酸甲酯、辛酸乙酯、异戊醇、苯甲醇、乙酸丁酯等具有相关性。（5）通过微生物菌群结构与理化因子典范对应分析中可以看出,水分、淀粉、氨基氮、糖化酶和蛋白酶对大曲质量的影响最为关键。双楼大曲高温放线菌属、克氏假单胞菌属、糖多孢菌属和海洋芽孢菌属与淀粉呈正相关性。晋源格万、玉根、宁化府大曲醋杆菌属、葡萄球菌属、魏斯氏菌属、链霉菌属、片球菌属和泛菌属与纤维素酶、蛋白酶、氨基氮呈正相关性。东湖大曲毕赤酵母属、威克汉姆酵母属、链格孢属与糖化酶、蛋白酶、总酸、水分呈正相关。山河、晋源、灯山井、双楼大曲根毛霉属、复膜孢酵母属、嗜热子囊菌属、红曲霉属与淀粉呈正相关。（6）链霉菌属、克氏假单胞菌属和乳杆菌属与乳酸、丙酮酸、酒石酸、柠檬酸、琥珀酸有较高相关性;立克次氏体属和泛菌属与草酸有较高相关性;葡萄球菌属、魏斯氏菌属、片球菌属和醋杆菌属与乙酸、草酸有较高相关性;假丝酵母菌属、复膜孢酵母菌属和嗜热子囊菌属与苹果酸有较高相关性;红曲霉菌属与乳酸、乙酸、酒石酸、柠檬酸、琥珀酸有较高相关性;根毛霉属和曲霉属与草酸和丙酮酸有较高相关性。醋杆菌属、片球菌属、葡萄球菌属、链霉菌属、高温放线菌属、海洋芽胞杆菌属与3-羟基-2-丁酮、2,3-二甲基-吡嗪具有相关性;放线菌属、肠杆菌属、立克次氏体属、乳杆菌属与丁二酸甲酯、己酸甲酯等酯类物质具有相关性;根霉属、曲霉属、根毛霉属和复膜孢酵母属与戊酸乙酯、3-羟基-2-丁酮具有相关性。