目的：探究台湾海峡海洋沉积物中放线菌的多样性及发现产生药物先导化合物的新菌源。方法：采用6种选择性培养基分离15份来自台湾海峡沉积物样品中含有的放线菌。挑选不同培养特征的放线菌进行初步分类鉴别、16S rRNA基因序列系统进化分析。对所挑选的95株放线菌及实验室前期研究累积的39株海洋稀有放线菌共134株进行基于PCR的烯二炔抗生素和卤化酶基因探测。结果：共分离到497株放线菌，挑选的95株放线菌分别属于放线菌7个科，11个属。16S rRNA基因序列分析结果提示分离到的小单孢菌科菌种存在数个潜在新种。烯二炔PKSE的KS基因筛选结果显示134株放线菌中有56株菌含有烯二炔核弹头生物合成基因片段，阳性率为41.8%。本实验结果首次证实继生菌属、糖单孢菌属和微球菌属具有产生烯二炔抗生素的基因片段，它们也是潜在的烯二炔抗生素产生菌，为寻找这类化合物提供了菌源。对134株放线菌进行卤化酶基因筛选，有16株菌株的基因组中含有编码FADH2依赖性卤化酶的基因序列，阳性率为11.9%。基因筛选获得的卤化酶片段均与未知卤化物产生菌的卤化酶序列最相似，相似性在53.0%-83.0%之间，而与已知卤化产物的卤化酶序列相似性低且在系统进化树上处在不同的分支上，提示筛选的阳性菌株可能具有产生新的卤代化合物的能力。结论：海洋环境蕴含丰富的放线菌资源并具有产生烯二炔类抗生素和卤代化合物的潜能。