我们国家是一个经济快速发展的发展中国家,经济快速发展的同时环境也会受到很大影响,我国的环境问题日渐严重并逐步引起了人们的关注。2016年3月5日,李克强总理在全国两会上作了政府工作报告总结,总结中多次提到了环境保护和节能减排的问题,这标志着环境保护是我国的当务之急。国家把环境保护作为十三五期间的重点工作,环境保护专项资金的绩效审计也是在治理环境中不可缺少的一项工作,不仅提高环境治理的效果,也可以在有效的时间内改善人们的生存环境。我国绩效审计起步比较晚,虽然发展比较迅速并取得了一定的成果,但是环境保护专项资金绩效审计评价指标体系还存在着很多问题。比如构建评价指标体系时对经济性、效率性、效果性的理解不够深刻,不能真正将经济性、效率性及效果性真正贯穿始终,很多详细的评价标准都没有相应的法律法规具体的规定,这些问题在不同程度上影响着我国环保专项资金绩效审计评价指标体系的实际运用。该文主要深入阐述了可持续发展理论和系统论,并以此为理论研究基础,学习研究国内外相关成果,分析我国当前环保专项资金指标体系中存在的问题,开始了深入的研究。介绍了环保专项资金绩效审计评价指标体构建的过程中应该依照的原则之后,主要以经济性、效率性、效果性为主要的评价指标标准,并考虑环境效益、社会效益及对可持续发展的影响因素,希望能够更加完善的构建出我国的环保专项资金绩效审计评价指标体系。首先,对研究该问题的背景及重要意义做出说明并且对环保专项资金绩效审计的整体理论研究现状作出表述;其次,指出我国环保专项资金绩效审计建立的评价指标体系中存在的问题以及形成的原因进行深入分析,对环保专项资金的相关概念和理论基础作出阐述;然后陈述了环保专项资金的审计环境及审计评价组织模式,遵循评价指标体系的几大原则,并以为经济性、效率性及效果性为主要评价标准并考虑环境效益、社会效益、生态效益和可持续发展影响的影响因素进而构建评价指标体系;最后,将经过构建的环保专项资金绩效审计评价体系应用到综合治理湖泊中,得出相关结论并展望未来的研究方向。