基于对称指数扩增反应构建用于核酸荧光检测的DNA纳米机器

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核酸分子化合物是细胞内储存、传递和调控遗传信息的重要物质。核酸的检测广泛应用于疾病临床诊断、法医鉴定、环境监测以及生物医学研究等多个领域。因此,开发一种高效的核酸检测方法具有重要的意义。本实验通过将回文序列引入经典的指数扩增反应(EXPAR),构建了一种由包含回文片段的多功能发夹探针(P-HP)介导的对称指数扩增反应(S-EXPAR),以降低EXPAR反应固有的非特异性扩增引起的背景信号。另外本实验将G-三联体/ThT复合物作为信号输出方式,提出了一种无需化学标记的DNA纳米机器用于核酸检测。该检测体系中涉及的唯一的寡核苷酸链P-HP由5个功能区组成:一个与输出序列G-三联体互补的富含C碱基的区域、一个靶DNA识别区、两个剪切酶识别位点的互补区和一个回文序列区。当靶DNA与P-HP结合并打开茎环结构时,P-HP的3′端回文序列完全暴露。然后两个P-HP/T结构通过暴露的回文序列相互杂交,在聚合酶和剪切酶的协同作用下,连续自主地发生S-EXPAR反应。在这个体系中,一个靶DNA可以在短时间内转换成大量能与ThT结合的G-三联体片段,形成的G-三联体/ThT复合物作为荧光信号探针。该方法的动态检测范围为10 pM-300nM。另外,简单改变P-HP的靶DNA识别区即可用于检测其他目标核酸。因此,本实验所提出的DNA纳米机器在核酸检测方面具有潜在应用价值。
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