学科发展经历了从混合于哲学到走向分化的过程,现在又有交叉和融合的趋势。通过学科融合与交叉促进科学研究取得突破性进展成为大学学术创新的重要内容。然而,大学中学科的分裂和学科组织的壁垒却阻碍了学科融合,学科文化差异和冲突是其重要原因之一。因此,本文以学科文化作为切入点,研究学科融合和大学组织结构变革问题。学科文化指的是一个学科与其他学科存在差别的学科知识、学科规训制度、学术生活样态和学科思维的总和。学科文化是一个分层的体系,包括四个层次：学科文化的物质层面,包括学科的知识,学科中的术语与标识的表示,学科中的各种研究方法与技术；学科文化的规则层面,即学科规训制度,如学科的研究规范,学术评价标准、学术出版的形式和要求、奖励与惩罚的机制、学科新进成员的社会化模式等；学科文化的行为层面,即群落学术生活的样态,如研究人员的工作方式、学术生涯模式、学术网络的交流、群落中成员的合作与竞争等；学科文化的精神层面,即学科思维,如价值观、信念、思考方式、偶像崇拜等。学科文化具有天然的差异,学者们对这种差异的认识是从三个维度不断深入的：从科学与人文两种文化,深入到对多个学科文化差异的理解；从知识的属性和方法的差异,上升到对规训制度、群落行为样态、学科思维差异的认识；从教师群体学术研究的文化差异,扩展到对教师教学、学生学习以及学术管理领域差异的研究。笔者则运用学科文化定义的框架对物理学(硬-精纯)、机械科学(硬-应用)、历史学(软-精纯)和新闻与信息传播学(软-应用)的学科文化进行了调查和描述。在此基础上,探讨了学科文化的差异中硬学科倾向于团队研究与软学科倾向于个人研究的原因与影响,分析了应用学科相对于精纯的学科更容易进行学科交叉的现象与原因。由于学科文化的差异,在大学这一多学科的环境中,不同的学科文化存在着冲突。冲突表现为：学科群落由于相互不了解而存在封闭和隔绝；学科群落间存在偏见和歧视；交叉学科研究团队中时有摩擦和矛盾；学科迁徙者内心存在学科文化冲突。学科文化的冲突虽然有一些负面意义,但也有正面功能,如促进学科文化的相互了解与尊重,加强学科之间的联系,促进学科交叉,促使我们反思现有的学科制度。学科文化融合包括学科知识的融合和交叉,规训制度、生活样态与学科思维的相互理解、尊重和宽容,并在此基础上寻找共识点。学科文化融合最重要的是改革现有大学的组织结构,笔者论述了英国古典大学的学院制,美国大学的本科生学院制这些传统组织结构对促进学科文化融合的作用,重点研究了中国大学目前学部制改革,以及新型交叉学科组织的类型与运作方式,以及它们对促进学科文化融合的作用及问题。最后提出了促进学科文化融合的相关措施,即更新学科观、建立良好的学科生态、改革学术评价制度、通过教学活动促进学科融合。