人民法院没收违法所得程序是我国刑事诉讼的特别程序,该程序是在立足于我国的司法实践,借鉴域外的立法经验基础上而新增加的规定。但是,目前违法所得没收程序的许多内容设计地相对原则和抽象,对于我国违法所得没收程序的研究主要从程序性质的界定、程序存在的缺陷、域外立法模式分析借鉴和完善建议四个方面出发。首先从我国违法所得没收程序的立法背景入手,结合国内理论研究,对违法所得没收程序的属性进行剖析,违法所得没收程序应当是刑事没收程序,同时兼有刑事缺席审判和保安处分的特点。其次,在性质确定的基础上分析程序存在的缺陷,主要集中在实体审理方面,具体包括违法所得没收程序法庭调查不充分、证明规则设计不合理、程序缺少辩论环节、宣判和刑罚制度不完善。案件实体审理的不完善将直接影响程序的正当性。因此,有必要对域外各国违法所得没收的相关立法经验作一梳理,从比较法的角度探寻程序的完善路径,其中既借鉴了英美法系的没收制度,又吸收了大陆法系在没收违法财产上的成功经验,最后总结出人民法院没收违法所得程序的相关建议。在人民法院没收违法所得程序中,不仅关注涉案财产的追缴和没收,同时也要重视对被告人的定罪量刑。加强对犯罪事实的审理,强化法庭调查、举证质证、法庭辩论等环节,充分保障被告人及利害关系人参与诉讼的权利,构建多元化的证明规则,针对犯罪事实、违法所得与犯罪事实的因果关系、利害人的权利主张等不同的待证事实,适用不同的证明标准,引入刑事缺席审判程序,增加对被告人的有罪宣告和刑罚的适用,实现对被告人的定罪量刑。