自“新三板”诞生以来，我国资本市场已经有了长足的发展并逐步成熟。使企业能够更好地借助资本市场的力量助推其自身的发展，是“新三板”市场诞生的主要目的。但是，新三板与主板市场的交易方式不尽相同，当前新三板交易以协议转让交易为主，然而，由于挂牌公司普遍成立时间较短、规模较小、未来发展具有较大的不确定性，导致市场流动性较差，交易成本过高，市场效率过低，该交易方式下的定价机制未能反映出公司的真实价值。自2014年8月做市交易推出后，价格水平发生多大变化都有可能。截至目前，约有17％的公司采用做市交易，如果能够更好地完善做市交易定价，给企业一个合理的估值、定价，不仅能够吸引投资者投入资金，也降低了中间成本，对于未采用做市交易的公司股价定价机制也有重要参考意义。本文参考了A股市场定价及协议转让交易下的定价机制，在前人研究成果的基础之上，运用主成分分析的因子分析模型及回归模型对新三板创新层企业做市交易定价的影响因素进行实证分析，最后，对研究结果进行解释和总结，并提出展望。