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随着DNA分子鉴定技术的发展,越来越多的木材鉴定开始利用这种手段。榆科（Ulmaceae）中的榆属（Ulmus）、榉属（Zelkova）、和朴属（Celtis）的部分木材是常用商品材。为了能够准确高效微量的鉴别榆科的木材,本文采用DNA分子标记技术和DNA条形码技术对榆科榆榉朴三个属13个树种的进行木材鉴别。论文分析了6种DNA提取方法对不同气干程度的木材残余DNA的提取能力,筛选出适用于PCR扩增的ISSR引物,进行13个树种的ISSR扩增,对比条带多态性;用DNA条形码PsbA-TrnH、TrnL-F、ITS1、ITS 2分别扩增13个树种,分析多态性碱基位点,构建系统发育树,得到如下结论:1)对不同气干时间的大叶榉（Zelkova schneideriana Hand.-Mazz）木材,对比使用6种不同的DNA提取方法,发现气干1年之内的木材可使用新型快速植物基因组DNA提取试剂盒,气干4年之内的木材可以使用CTAB-SDS法,而长期气干的木材只能使用PTB法,随着气干时间的延长,大叶榉木材可提出的DNA减少,DNA浓度由1937.1ng·μL-1下降至35.3ng·μL-1,质量下降。6种DNA提取方法中,CTAB-SDS法最佳,其次是CTAB法,普通植物基因组DNA提取试剂盒提取效果最差;2)从52条随机选取的ISSR引物中筛选出了27条具有条带的引物,对比27条引物的条带质量和数量后,发现ISSR引物818,828,836可扩增出丰度好、片段超过1000 bp的大叶榉DNA片段,在对13个树种进行ISSR-PCR扩增后,筛出引物836最为合适;3)ISSR引物836在13个树种中共扩增出了35个条带位点,总多态性比率100%,榆榉朴三属条带位点数分别为25、11和13,多态性比率,榆属>朴属>榉属,引物836适合进行这13个树种的非特异性扩增;榆榉朴三属13个树种之间的重复条带位点有16个,占总条带位点45.7%,树种独有条带位点有19个,占总条带位点54.3%。除珊瑚朴外,其余12个树种都具有1-3个独有的条带位点。榆榉朴三属13个树种既有近缘保守性,也具有丰富的遗传多样性,使得引物836能够轻易区分13个树种;4)TrnL-F序列、ITS 1序列、ITS 2序列和PsbA-TrnH序列在榆榉朴三属的13个树种间具有特征核苷酸位点;三个属之间的变异位点丰富,能轻易确定树种所属的属;但各个树种并不全都具有特异性种间变异位点,不能单靠一条序列的变异位点区分所有树种;5)单序列构建进化树时,4条序列都不能单独进行榆榉朴13个树种的全区分。对于榆属,TrnL-F序列可以单独鉴别出最多的树种,4个;对于榉属,PsbA-TrnH序列可以单独鉴别出最多的树种,2个;对于朴属,ITS 1序列可以鉴别出最多的树种,3个;组合序列系统进化树的鉴别能力明显高于单序列系统进化树,随着组合序列数的增加,bootstrap值提高,树种的聚类准确度提高,鉴别出的树种数也增多,当组合序列数达到3个时,可以完全区分13个树种,序列组合ITS 1+ITS 2+PsbA-TrnH、ITS 1+ITS 2+TrnL-F和ITS1+ITS 2+PsbA-TrnH+TrnL-F可以准确进行13个树种全鉴别;在构建系统进化树时,NJ树优于ML树,NJ树对于13个树种的聚类更准确,只有NJ树对13个树种进行了全区分。