副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)是引起人类食源性疾病和水产养殖中南美白对虾急性肝胰腺坏死病(AHPND,又被称为早期死亡综合征)的条件性致病菌,是食源性肠胃炎最主要的病原之一,为人类和水产养殖带来了巨大的灾难和损失。本研究首先建立了基于PCR快速检测副溶血弧菌的方法。由于弧菌属尤其是哈维氏弧菌群的基因组具有很高的相似度,16S rDNA无法将之区分,因此对于副溶血弧菌检测的核心就是找到有效的靶标。而对于目前报道的副溶血弧菌鉴定和筛选的靶标基因一直没有一个有效的特异性评估,因此存在特异性不高的问题。为了避免假阳性,本研究通过生物信息分析找到了3个分布在两个染色体上的靶序列,对比之前报道的特异性基因,这3个靶序列同时具备种间特异性和种内保守性的特点。为了探究水产养殖中副溶血弧菌的毒力、耐药和遗传多样性等特点,本研究分别在天津(2016年6月、9月和2017年4月)、南通(2016年9月)、杭州(2016年9月)、湛江(2016年11月)和海南地区(2016年8月)进行了样品的采集,然后利用TCBS和LB培养基共分离纯化了1045株细菌。基于本研究建立的检测方法,共筛选出209株副溶血弧菌,其中海南地区0株、天津74株(22.2%)、南通52株(28.3%)、杭州42株(30.7%)以及湛江41株(12.5%)。在此基础上,本研究分别从副溶血弧菌毒力基因的检测,水产常用抗生素的耐药性分析,多位点序列分型,对南美白对虾的致病性以及基因组的分析等方面进行进一步探究。通过主要毒力基因的检测,我们发现人类临床上常见的毒力基因trh存在于水产养殖中,比例很低只有3例,只在天津检测出。南美白对虾毒力因子PirAB检测率为9.57%,共有20例,其中杭州18例,南通2例,其他地区均未检测出。通过南美白对虾的浸泡攻毒实验证明PirAB具有极强致病性,致死率能在24 h达到80%,同时验证新出现在副溶血弧菌的类Tc毒力对南美白对虾不具有致病性。水产常用四种抗生素耐药分析,发现土霉素的耐药比率最高为17.22%,接着是氟苯尼考9.57%,恩诺沙星3.83%和阿米卡星0.48%,并且发现5株宿主为鱼的副溶血弧菌表现为多重耐药性(土霉素、氟苯尼考和恩诺沙星),土霉素和氟苯尼考是水产上使用最普遍的抗生素,其耐药率的增加可能与使用情况相关。从结果来看,携带毒力基因的菌株对四种抗生素均表现为敏感,因此药物预防和治疗依然是有效的手段,尤其是阿米卡星。综上所述,本研究通过流行病学调查发现,水产养殖中存在携带人类和南美白对虾致病因子的副溶血弧菌,并且检测到耐药甚至多重耐药的菌株,这对于疾病的监测、预防和治疗具有重要的指导意义。通过MLST分型,选出的168株副溶血弧菌共得到44个ST型,其中只包含1株菌的ST型有16个,其余的28个ST型都至少包含两个菌株,新获得的ST型共有24个,这个比例超过50%。结合系统发育分析证明水产养殖中的副溶血弧菌具有高度的遗传多样性,地域的差异是副溶血弧菌遗传多样性的重要原因之一。利用全基因组测序分析发现移动元件介导的基因组的变化具有普遍性。对看家基因recA变化的分析证实了一个携带外源recA的基因岛的插入;通过探究看家基因dtdS的丢失我们发现,插入序列ISVal1在整个已测序株菌的基因组中共有27个插入,并且导致多处的缺失和获得,之后我们通过进化实验证明ISVal1具有插入活性。我们猜测ISVal1可能通过同源重组等机制塑造基因组使细菌适应更复杂的环境,这一研究结果表明移动元件对于基因组的多样性具有重要的作用,并且为进化基因组学提供了新的思路。