市场经济的发展促使了区域经济的蓬勃发展，客观上要求政府间加强彼此的合作才能实现整合的发展形态，在这样的情况下，都市圈作为政府间合作的空间组织形态得到了孕育和发展。但是，在现实中都市圈政府间合作却出现了各种困境，如地方保护主义、区域大战、产业结构趋同、跨域的公共事务治理失范、恶性竞争、公共环境保护等问题，因此都市圈政府间关系的有效整合具有重大的意义。都市圈政府间合作的困境源自于三大方面的缺失，即：合作机制上、组织体制上和区域公共政策体系上。合作机制的缺失主要体现在文化认同机制、信息知识共享机制、利益分享机制、区域公共产品供给机制和官员绩效考评机制、合作法律法规等上面；组织体制的缺失主要体现在中央调控、同域职能管理机构、非政府组织等上面；区域公共政策上的缺失体现在理念的滞后、规则未制定和体系未完成上面。这三大方面的原因导致了都市圈政府间合作上的困境。都市圈政府间良好关系的形成和持续运作，不能单独靠一些合作机制的完善，需要组织体制、合作机制和区域公共政策体系完善，这三个方面的健全和良好的互动与配合，三方的联动促成都市圈政府间关系的不断融合，通过层层的互动为制度创新构建了良好的基础，也实现了最大限度降低交易费用的目标，当各方看到合作取得的巨大效益时则会进一步把合作向深层次推进，从而实现合作的良性循环，最终实现都市圈政府间关系的整合。