柑橘作为世界上重要的果树树种之一,有着重要的生产和科研价值。但由于柑橘种属间易杂交、芽变频率高和栽培历史悠久等原因,导致柑橘种属间亲缘关系复杂,分类系统至今未有定论。开发利用分子标记对柑橘类果树的多态性进行评价,有可能为该问题提供解决途径。单核苷酸多态性是由单个碱基变异引起的DNA序列多态性,是第三代遗传标记物。单核苷酸变异发生位置多、频率高、稳定性好,适合规模化分析。开发利用单核苷酸多态性分子标记,可以对柑橘的种质资源进行多态性评价,可以探讨柑橘种属间的分类进化关系,还以用于基因作图及整合作图、还可以研究基因功能、进行分子标记辅助育种等。因此,单核苷酸多态性标记对于柑橘的遗传与育种具有重要的理论和实际应用价值,应用前景广阔。在本论文中,以38个柑橘及其近缘属植物为材料,利用PCR-SSCP方法筛选分析SNP分子标记,从84对引物中筛选出了有多态性PCR产物的引物18对,并对其中10对引物的PCR产物进行了克隆测序,共得到157个SNP位点,包括一个14碱基的InDel位点,这些位点多为二等位性,仅6个SNP位点是三等位性。对PCR-SSCP的谱带分型、测序的结果进行了聚类分析,结果表明,真正柑橘果树类可分为五个大的类群,第一类是枳和飞龙枳,第二类为澳指檬,第三类为宜昌橙和三山香圆,第四类是柠檬、来檬、枸橼和柚,第五类是甜橙、宽皮柑橘、杂柑和金柑,这一结果与前人的研究基本一致。结果还表明,利用少数不同的SNP组合能够区分开大部分样本,可以用于柑橘杂种和品种的鉴定。结论：利用PCR-SSCP对柑橘SNP研究所得结果证明该方法能高效显示柑橘SNP的多态性、分析结果稳定可靠,并且简便、廉价。SNP不失为一种应用潜力巨大的新型分子标记。