利用二代测序发现环状非编码RNA circSKI为非小细胞肺癌潜在的治疗靶点

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背景/目的:肺癌是当今世界癌症中致死率最高的恶性肿瘤,虽然随着医疗水平的高速发展,在癌症诊断治疗方面有了了很大的进步,然而肺癌晚期患者的五年生存率仍然处于非常低的水平。肺癌早期的阳性症状非常罕见,所以往往发现的时候就是晚期。最近的研究中,研究者们逐渐将焦点转到了一些基因的转录产物的研究。而二代测序技术的发展为转录组学的研究提供了充足的技术支持。环状非编码RNA(circular RNAs,circRNAs)是一种在细胞内大量存在的,不具备编码蛋白质功能的环状RNA分子。最新研究已发现某些circRNAs能参与到肿瘤细胞的发生发展的分子机制中。然而环状RNA在非小细胞肺癌中的作用及以机制仍不是非常清楚。本研究通过二代测序,发现了潜在的目标circRNA,并探索其可能的分子生物学机制。方法:本研究通过在Illumina平台对非小细胞肺癌患者的手术样本进行二代测序(NGS,next generation sequence),得到其差异表达的环状非编码RNA的差异表达谱,通过多种功能富集,确定差异表达的RNA可能存在的生物学功能。之后通过WGCNA(weighted gene co-expression network analysis,权重基因共表达网络分析)结合差异表达谱,发现了潜在的靶点,circSKI。然后通过生物信息学工具预测其可能结合的微小RNA(microRNA)。最后又通过深度学习算法xgboost,确认其可能的分子生物学功能。结果:本研究中,通过对二代测序共发现差异表达的73个circRNA,其中32个为癌组织中上调表达的circRNA,41个为癌组织中下调表达的circRNA(Fold change≥2,P<0.05)。组织中显著差异表达的circRNA的本体基因可以显著富集出多条与NSCLC的发生发展密切相关的通路,如细胞间连接通路等。WGCNA分析表明,circSKI对NSCLC肿瘤大小有重要影响。通过生物信息学预测发现circSKI可能通过吸附hsa-miR-1178,hsa-miR-1205,hsa-miR-1229和hsa-miR-1281等miRNAs而上调MAPK9等癌基因的表达参与肿瘤细胞生长,核质调节及肿瘤相关功能中。结论:本研究通过二代测序,发现了circSKI作为肺癌肿瘤标志物的潜能,以及其可能存在的分子机制。
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