背景随着蛋白质组学的发展,人们对蛋白组学的研究已经深入到亚细胞水平,但是目前技术的分辨率对于全细胞蛋白质组学的分析无法满足人们的要求,于是亚细胞蛋白质组学的提出是蛋白质组学发展的必然结果。亚细胞蛋白质组学不仅可以降低蛋白的复杂性,而且可以富集低丰度蛋白,提高低丰度蛋白的检出率,有利于人们深入认识生命本质。细胞核蛋白质组学是亚细胞蛋白质组学的一部分,提取获得纯净的细胞核蛋白有利于细胞核蛋白质组学的研究。目的比较三种不同的真核细胞核蛋白提取方法制备的核蛋白应用于双向电泳的可行性及效率。方法1.分别应用Dounce匀浆器研磨法、试剂盒提取法和涡旋破膜法提取HeLa细胞核蛋白；2. Bradford法测定蛋白浓度；3. Western blot检测标志性胞浆蛋白和核蛋白；4.双向电泳后银染扫描图像,PDQuest8.0分析图像。结果涡旋法获得核蛋白的过程所需时间最短；试剂盒和涡旋法能够较快速的获得相对较纯的核蛋白；Dounce匀浆法获得的核蛋白量较少同时掺杂较多的胞浆蛋白。三种方法所获得的核蛋白双向电泳后其蛋白图谱基本相似。结论三种提取方法制备的核蛋白都可用于蛋白组学研究中的双向电泳分析,但试剂盒和涡旋法较Dounce法提取核蛋白纯度及效率高,且涡旋法更快速、成本更低。