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在我国经济减速换挡的关键时期,科技创新无疑是经济实现跨越发展的主导因素。党的十八届五中全会公报中强调“把创新摆在国家发展全局的核心位置,让创新在全社会蔚然成风。”高校是创新知识的重要生产源头,是科技创新的主阵地之一,承担着知识生产、人才孕育、科技创新、服务社会的重要使命。福建省作为21世纪海上丝绸之路核心区、自由贸易试验区,区域经济社会的发展对当地高校科技创新提出了新的要求,也对现阶段研究福建省高校科技创新能力提出了紧迫的要求。因此,从多个角度客观评价福建省高校科技创新能力的发展水平,将有利于正确定位福建省高校科技创新能力,并促进其进一步科学发展。本文首先把高校科技创新能力分为科技创新投入能力、科技创新产出能力、科技创新环境支撑能力和科技创新扩散能力,并形成了最初的高校科技创新能力评价指标体系。在此基础上,对2007-2013年福建省高校科技创新能力的各项细化指标进行纵向对比分析;同时,又基于2013年的数据用探索性因子分析,初步衡量福建省高校科技创新能力在全国的发展水平:四个方面指标都有逐年向好发展的趋势,但2013年福建省高校科技创新能力处于全国中下水平。为了客观评价福建省高校科技创新能力,本文采用了熵权TOPSIS法。首先运用粗糙集指标属性约简的方法,对指标进行筛选,删除其中的冗余指标,然后应用熵权TOPSIS法进行华东七个地区的横向及福建省最近七个年度的纵向综合评价。结果发现:2007-2013年福建省高校科技创新能力稍有波动,但整体趋势是向好发展;在华东区域,福建省高校科技创新能力与除江西省外的其他高校差距较大;科技创新扩散能力对高校科技创新能力的影响是最大的,其次是产出及投入能力,而高校科技创新环境支撑能力只起到支撑作用,对科技创新综合能力的影响相对最小。最后,基于价值链的视角,把高校科技创新过程划分成科技创新研发阶段和科技创新成果扩散阶段,应用关联型网络DEA的方法,对两个阶段的科技创新能力绩效进行评价,并运用Tobit法进行影响因素分析。结果显示:考察期内福建省高校科技创新的整体效率平均值为0.587,具有很大的提升空间,整体效率不高的主要原因在于创新成果扩散阶段。人员因素、经费因素、机构项目因素、市场因素都在一定程度上影响着高校科技创新能力绩效。