我国早已进入环境污染高发期，福建省闽江流域水环境污染事件也频繁发生，逐渐制约着福建省社会经济的可持续发展。在全国掀起“问责风暴”的时候，环境保护领域开始探讨“环境保护行政问责”。就福建省环境保护领域而言，闽江流域水环境的保护是福建省各级政府和官员环境保护工作的重中之重，而闽江流域水环境保护行政问责制是落实政府环境责任的重要制度保障。本文首先分析了闽江流域在福建省社会发展、经济建设中的战略意义和各级政府在闽江流域水环境保护中的重要作用，笔者认为应当尽快建立一套闽江流域水环境保护行政问责制度，以落实政府在闽江流域水环境管理和保护方面的职责，实现对闽江流域水环境的有效保护。本文在分析学者们对“问责制”、“行政问责制”不同界定的基础上，先厘定了“问责制”、“行政问责制”、“环境保护行政问责制”的概念，然后研究了福建省水环境保护行政问责制度相关的法律法规和制度的实践情况。由于我国目前的法律法规几乎没有对环境保护行政问责进行规定，而且在2009年起草的《福建省流域水环境保护条例（草案）》中也忽略了环境保护行政问责的规定。并且我国在水环境保护领域存在政府各部门职责、权限划分混乱不清、交叉重叠的状况，导致问责制度实施效果不佳，责任追究不充分、不合理等情况。再加上行政问责的相关配套制度不完善，使得环境保护行政问责的实施效果大打折扣。因此，笔者提出要构建闽江流域水环境保护行政问责制度的建议。首先要重塑行政问责文化，在制度构建时，应从行政问责的要素入手，即对问责主体、问责客体、问责范围、问责程序和责任体系等方面作出规定。环境保护行政问责是多元问责，包括同体问责和异体问责，但与同体问责相比，异体问责更能体现民主，更能有效监督政府是否履行环境保护的相应职责，因此环境保护行政问责要强化权力机关的问责，社会公众的问责和司法机关的问责等异体问责。最后要健全问责配套制度，以保障闽江流域水环境保护行政问责制度的顺利实施，最终达到保护闽江流域水环境的目的，实现福建省社会、经济、环境三位一体和谐发展。