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伴随我国水产养殖业的迅速发展，水产品相关疾病也逐年加剧。孔雀石绿和结晶紫具有强大的抗细菌、真菌和抑制寄生虫等作用，曾一度被广泛应用，但研究发现孔雀石绿和结晶紫及其代谢物具有高毒性、高残留、致癌、致畸和致突变性等副作用，陆续被世界各国列为水产养殖禁用药物。孔雀石绿类药物的检测成为水产品质量控制的关键，其中免疫分析检测方法作为一种快速方便的现代检测手段，在孔雀石绿类药物残留检测上得到了广泛应用。目前国内外针对孔雀石绿、结晶紫及其代谢产物的免疫检测方法的研究主要集中在某种单一化合物的直接检测上，而直接针对孔雀石绿、隐色孔雀石绿、结晶紫和隐色结晶紫四种待测物进行同时检测的免疫检测方法研究尚没有报道。分子模拟技术的应用为三苯甲烷类化合物多残留免疫检测提供一条新途径，本论文基于分子模拟技术设计并优化四种三苯甲烷类化合物的半抗原，免疫动物制备抗体，验证抗原与抗体之间的构效关系。此为实现改善抗体性能，并为水产品多残留免疫检测的研究奠定理论基础，保证水产品养殖业的健康发展。主要内容如下：1.采用MOE软件和高级别Gaussian03软件量子力学计算密度泛函方法B3LYP/6-31G*分别对孔雀石绿、结晶紫及其代谢产物进行三维构象的叠合分析以及结构优化和电荷分布计算分析。结果表明四种待测物空间重合性较好，结构相似度较大；而电荷模拟计算结果显示存在明显的差异，结合目前常用半抗原所制备抗体与孔雀石绿、结晶紫及其代谢产物交叉反应率同电荷分布之间的规律性，表明抗体识别效率同该分子的电荷分布存在一定的关系。然后分析修饰后半抗原的电荷分布情况，并结合CAD数据库和SciFinder数据库商品化信息分析物质合成难易程度，最终选择电荷分布在0.174左右命名为-N+的化合物为后续实验的半抗原。2.以隐色结晶紫为原料，两步化学反应合成含有-N+基团和5个碳原子长度连接臂的半抗原，并采用薄层层析法、飞行时间质谱法和核磁共振检测一维谱1H谱和13C谱以及二维1H-1HCOSY谱、HMBC谱和HSQC谱，鉴定分析。结果表明，中间产物和最终产物首先经薄层层析分析显示有新物质产生，并通过正相硅胶柱实现分离纯化；然后飞行时间质谱法鉴定分别发现中间产物ESI正离子检测到M+=488.1和终产物ESI正离子检测到M+=474.3，与相对应物质的理论值相符，初步分析均合成成功；最后核磁共振检测发现目标终产物与中间产物存在基本一致的NMR特征信号，无甲氧基波谱信号，表明终产物合成成功。3.采用碳二亚胺法将半抗原偶联到载体蛋白KLH和BSA大分子上，分别合成免疫抗原和包被抗原，并通过紫外扫描法、凝胶电泳法和MALDI-TOF-MS法鉴定分析，结果均证明包被抗原合成成功，表明3种鉴定方法存在一致性，故在偶联超大分子量载体蛋白KLH过程中采用紫外扫描法鉴定分析显示偶联成功。免疫新西兰大白兔和BALB/C小鼠制备两种动物源多克隆抗体，间接ELISA测定效价分别为1：51200和1：12800；经过棋盘实验优化反应条件，确定ELISA的最佳包被抗原浓度和酶标二抗浓度为：包被抗原浓度为1μg/mL，羊抗兔酶标二抗稀释度为5000或羊抗鼠酶标二抗稀释度为10000；间接竞争ELISA结果发现两种抗体与合成抗原（-N+）存在特异性识别，半数抑制率在10-100ng.mL-1之间，而与MG、CV、LMG、LCV的识别率均不是很高，识别率呈现LCV＞LMG＞CV＞MG的趋势。然后以四种待测物与目标抗原的电荷分布差异度为横坐标，以104ng.mL-1浓度下四种待测物与目标抗原抑制率的相似度为纵坐标，绘制抗原抗体构效关系图，结果显示R2=0.8378，显示两者存在很好的线性相关性，即整体趋势符合电荷分布分子模拟预测模型，说明半抗原电荷分布分子模拟模型在抗体设计方面上有一定的指导意义。