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本课题以商品成熟期果皮紫色（245）、绿色（246）、乳白色（247）的3个辣椒品系为亲本,配制杂交组合245×246和245×247,构建6世代遗传群体,通过目测分级、色差仪分析测定P1、P2、F1、B1、B2以及F2各单株的辣椒商品成熟期果皮颜色L值、C值和颜色级值,采用6世代联合分析法探究辣椒商品成熟期果皮颜色的遗传规律,通过SSR分子标记技术对辣椒商品成熟期果皮紫色基因进行初步定位,并研究3个辣椒品系在不同生育期色素含量的变化。主要结果如下:1.辣椒商品成熟期果皮颜色的遗传方式是细胞核遗传,紫-绿组合辣椒商品成熟期果皮颜色性状符合一对加性主基因+加性-显性混合多基因模型,即D-2模型,其L值、C值和颜色级值F2主基因的遗传率分别是22.39%、91.39%以及82.26%;紫-白组合的辣椒商品成熟期果皮颜色性状符合两对加性-显性-上位性主基因+加性-显性-上位多基因模型,即E-0模型,其L值、C值和颜色级值F2主基因的遗传率分别是87.02%、94.34%以及97.54%。表明主基因遗传力很强,多基因遗传力以及环境效应影响弱,在育种过程中,我们应该在早期分离世代对辣椒商品成熟期果皮颜色进行选择。2.以组合（245×246）的F2群体为试验材料,运用分离群体分组分析法（BSA法）建立紫色、绿色基因池,对辣椒基因组660对引物和番茄基因组144对引物进行筛选,总共筛出3对在两亲本、混合基因池之间均表现出多态性的SSR引物,分别是CAMS-454、ES-148、hc-139733。通过建立连锁图谱,确定3个标记位于同一个连锁群上。3.通过采取CIM作图法,对F2群体186个单株颜色性状实行QTL定位分析,在CAMS-454和ES-148标记之间得到一个QTL位点,LOD值是33.8,加性效应值是1.5,显性效应值是0.5,表型贡献率是57%,这个QTL位点的贡献率很高,是控制辣椒紫色基因的主效位点,根据已发表的遗传图谱星系,推测该位点在辣椒基因组的2号染色体上。4.通过对3个辣椒品系果实发育期间的色素含量变化趋势进行探究,发现绿色辣椒和白色辣椒色素变化趋势比较相似,即果实发育的过程中,类胡萝卜素和花青素含量不断增加,类黄酮含量先降后升,只有总叶绿素含量改变两者不同,绿色辣椒呈降低趋势,白色辣椒先降低后上升;紫色辣椒色素含量改变不同,伴随着果实的成长发育,类胡萝卜素含量逐渐增加,花青素与总叶绿素含量先上升后下降,类黄酮含量改变为升-降-升的趋势。