伴随着信息技术的飞速发展，人类对信息的获取、采集、处理、存储、传输等方式发生了巨大的变化。现代计算机技术在会计领域的发展和应用，促使会计信息系统成为会计数据采集、加工、处理和存储的重要途径，给会计学科的发展带来了深远的影响。虽然会计电算化的实施，大大地提高了企业的会计处理，但同时也对会计信息系统审计工作提出了新的要求。注册会计师不仅要对会计信息系统数据的合法性、准确性、真实性进行审计，而且还要对会计信息系统的软件和硬件、内部控制的合理性和有效性以及整个会计信息系统是否可靠、安全等方面进行审计。这些往往超出了传统的审计理论框架，在审计理论与实践上提出了许多新的问题。特别是随着审计工作范围的扩大，随之发生变化的还有审计中的各种元素及审计的准则和规范，审计风险也随之增加，最终导致审计人员必须密切关注会计信息系统审计的内部控制方法。会计信息系统审计是指通过必要的技术手段获取并评价证据，来判断会计信息系统的安全性、可靠性和有效性，并且能够最合理地利用资源。作为企业信息管理核心部分的会计信息系统，为企业改善管理水平和提高核心竞争力发挥了必不可少的作用。然而，会计信息系统能够为企业带来收益的同时也带来了诸多风险。为对会计信息系统的安全性、可靠性和有效性提供保证，对其进行审计是非常必要的。我国会计信息系统审计尚处于起步阶段，充分理解会计信息系统为我们以后有效地拓展会计信息系统审计工作具有重大的实践意义。在信息化条件下，根据自己的目标和需要越来越多的企业开始应用信息系统，加强经营管理，提高生产效率，增强核心竞争力，使会计信息系统在各个领域直接影响着人们的生活和企业的经营管理。并且国外都十分关注信息系统审计工作的研究，投入了大量的财力、物力和人力，获得了丰硕的成果。我国会计信息系统审计理论和研究还处于起步阶段，与国外相比还比较落后，面对计算机技术和经营管理的逐渐渗透和日益结合所呈现出新的挑战，导致会计信息系统审计最终成为国内外研究的热门问题。本文在对会计信息系统审计基本理论进行分析的基础上，通过对我国会计信息系统审计问题和原因进行考察分析及对美国会计信息系统审计的借鉴，提出了完善我国会计信息系统审计的建议,从而为我国会计信息系统审计的研究贡献薄弱的力量。基于会计信息系统，本文探讨了我国会计信息系统审计存在的问题。这些问题主要有：会计信息系统审计线索易缺失、缺乏专业的会计信息系统审计人才、缺乏有效易用的会计信息系统审计软件、缺乏应有的审计接口和会计信息系统自身存在缺陷等。导致我国会计信息系统审计出现问题的原因有：会计信息系统审计制度和法律法规不健全、会计信息系统组织结构不完善、软件评审机制缺乏系统性、会计信息系统内部控制存在缺陷、缺乏安全稳定的运行环境等。为了更好的说明会计信息系统审计的问题，本文探讨了美国会计信息系统审计的内容、程序和方法，从三个方面详细介绍了美国会计信息系统审计的经验，这些经验对我国会计信息系统审计起到借鉴作用。本文最后针对会计信息系统审计的问题提出了五条对策。第一是建立健全会计信息系统审计规范体系，包括要制定完善的会计信息系统审计准则体系、加强与会计信息系统审计相关配套的立法、建立一套科学完整的会计信息系统审计评价指标体系；第二是要健全会计信息系统审计人才队伍和管理运行机制，包括建立一支高素质会计信息系统审计人才队伍和健全人才管理运行机制；第三是要开发专门用于会计信息系统审计的软件；第四是要实施统一的会计信息系统审计接口；第五是要注重对会计信息系统审计理论研究和宣传。