近几年，新疆南疆的枣树种植面积不断地扩大，枣树病害的发生也越发凸显。通过对新疆南疆主要红枣产区的枣果黑斑病和枣树根腐病进行调查，并对采集的病样进行分离和鉴定，同时针对枣果黑斑病在室内进行了药剂筛选，结果表明：枣果黑斑病的病样分离纯化获得了24个真菌菌株，其中链格孢菌15株，所占比例为分离菌株总数的62.5%；其次是青霉3株，占12.5%；镰刀菌2株，占8.3%；根霉2株，占8.3%；其它2株，8.3%。经致病性测定，只有15株链格孢菌株接种后的发病症状与自然发病症状相一致，并从接种的发病株上又分离到此菌。选取代表性菌株进行培养性状、菌体形态的观察和测定，同时利用真菌rDNA-ITS通用引物（ITS1和ITS4）进行PCR扩增并克隆测序,获得序列登录GenBank进行比对分析，根据形态学和分子生物学实验结果，将其鉴定为链格孢（Alternaria alternata)。此外，针对枣黑斑病的病原菌——链格孢菌（Alternaria alternata），选取市面上常见的以保护作用为主的杀菌剂进行室内药剂筛选。结果表明，肟菌·戊唑醇，嘧菌·苯醚甲环唑和苯甲·丙环唑对黑斑病病原菌也都有很好的抑制效果，在大田防治中可优先考虑这些药剂。初步明确引起枣树根腐病的病原物主要有3类致病菌，包括镰刀菌、腐霉菌和丝核菌。苗期分离获得33个菌株，腐霉菌12个，占苗期分离总数的36.4%；其次为丝核11个，占33.3%；镰刀菌6个，占18.2%；其它4个，占12.1%。在生长期分离的腐霉菌26个，占23.3%；丝核菌24个，占21.6%；镰刀菌46个，占41.1%；其它，16个，占14.3%。经鉴定，引起枣树根腐的镰刀菌有4种，即尖孢镰刀菌（Fusarium oxysporum）、茄病镰刀菌（Fusarium solani）、多枝镰孢（Fusariumreticμlatum）、木贼镰孢（Fusarium equiseti）；腐霉菌1种，即瓜果腐霉（Pythium aphanidermatum）；丝核菌1种，即立枯丝核菌（Rhizoctonia solani）。由分离结果看出，苗期以瓜果腐霉为主，其次是立枯丝核菌，而在生长期则以镰刀菌为主。致病性测定结果表明瓜果腐霉菌和立枯丝核菌可以造成烂种、烂芽，导致枣苗出苗率低，幼苗出土后猝倒或立枯死亡；镰刀菌中的尖孢镰刀菌主要危害枣树维管束引起枣树枯萎病症状，而其他3种镰刀菌是典型的根腐病症状。为了进一步明确枣树枯萎病与棉花枯萎病的在病原上的联系，通过形态学特征及TEF序列分析对模式菌株——尖孢镰刀菌萎蔫专化型与分离获得的尖孢镰刀菌菌株进行对比研究。同时，通过接种酸枣和棉花两种作物进行致病性测定，结果表明引起棉花枯萎病的尖孢镰刀菌也能侵染枣树实生苗，而引起枣树实生苗枯萎病的尖孢镰刀菌对棉花致病力弱，说明引起枣树实生苗的尖孢镰刀菌与引起棉花枯萎病的尖孢镰刀菌不是同一专化型。