本文以四川西部核桃属主要种,铁核桃、核桃天然居群为研究对象,选择代表性4个铁核桃天然居群曹古(CG)、川毫(CH)、结尾(JW)、东方(DF)和2个核桃天然居群芦花(LH)、知母(ZM),采用表型标记为主的方法研究了各居群内和居群间的遗传变异,探索了应用SSR分子标记技术,对其中CH铁核桃居群和ZM核桃居群的遗传多样性分析。结果如下:(1)筛选出8个坚果质量表型标记,其中,出碎仁与除果仁颜色外其它坚果性状成正相关,大小排序依次是果壳底部>果壳顶部>横膈膜>沟纹刻窝>果壳颜色>缝合线。出全仁与其它坚果性状成负相关,大小排序依次是缝合线>沟纹刻窝>果仁颜色>果壳底部>果壳顶部>果壳颜色>横膈膜。(2)铁核桃表型变异系数的排序是:坚果单果重〉顶端叶片形状指数〉侧叶片形状指数〉坚果形状指数〉坚果果壳厚;铁核桃12个表型性状分化系数平均为28.85%,表明居群内变异是铁核桃的主要变异来源。(3)选择重要的表型标记,对6个核桃和铁核桃居群进行分析,结果表明铁核桃居群表型丰富度要大于核桃;SSR分子标记对CH和ZM居群的遗传多样性比较,结果表明CH铁核桃居群的遗传丰富度要高于ZM核桃居群。