本研究以50株分离自不同少数民族地区传统乳制品中的乳明串珠菌（蒙古国13株、四川19株、甘肃10株、青海6株、内蒙古2株）为研究对象，采用多位点序列分型（Multilocus sequence typing，MLST）方法，通过对其持家基因（pyrG、rpoB、groEL、recA、uvrC、carB、murC、pheS）的序列测试，完成了乳明串珠菌的多态性分析和遗传进化研究。采用双端测序的方法获得高质量目的基因序列，将其拼接、比对后获得菌株不同的序列型（Sequence type，ST），并采用生物信息学方法对等位基因的序列型和联合序列的遗传多态性进行分析，结果表明：（1）50株试验菌株共分为20个ST型，其中数量最多的ST型为ST-14（21株），主要分离自蒙古国和四川。8个持家基因的多态性位点数在3-9之间，G+C%含量在43.12%-48.31%，dN/dS值0.000-0.0349，说明持家基因受到外界选择压力的影响较小，具有很好的连锁不平衡性（SIA为0.6246）。（2）采用eBURST分析，形成8个序列型组，其中有6个ST型为独特型，2个克隆复合体CC14和CC1。CC14是以ST-14为中心的克隆复合体（占总分离株的42%），即以四川和蒙古国地区分离得到的菌株亲缘关系较近；CC1是以ST-1为中心的克隆复合体，即甘肃地区的菌株是可能的CC1祖先菌。（3）依据ST型构建最小生成树，发现分离自同一地区的菌株间系统发育关系最近，表明菌株的遗传关系与分离地区相关；菌株间的系统进化关系与不同乳源无明显对应关系，但是来自于泡菜中的菌株与传统乳制品的菌株间亲缘关系最远。（4）通过UPGMA遗传聚类分析发现，来自蒙古国和四川地区的菌株，它们聚集为一亚群，遗传距离小，说明分离自蒙古国和四川地区传统乳制品中乳明串珠菌的群体分化时间较短。乳明串珠菌在不同地区传统乳制品的制作过程中，基因组在不断发生变化，但也有些保守基因的变异被保存下来，形成自己独特的基因型特征。