《国家中长期教育改革与发展规划纲要》明确提出要完善中国特色的现代大学制度，完善大学治理结构。党的十八届三中全会通过的《中共中央关于全面深化改革若干重大问题的决定》明确提出要“深化教育领域综合改革”，对于高等教育而言，主要是以管办评分离为重点，改革管理体制和办学体制，扩大省级政府教育统筹权和学校办学自主权，完善学校内部治理结构。可见，随着政府对高等教育管理方式的改变，高校办学自主权进一步扩大，学校办学活力进一步释放，未来高校面对的关系重心不再是与政府的矛盾关系，而是与社会的合作关系；高校将会进一步实现权力重心下移，完善内部治理结构，激发内部组织活力，以内部改革促进学校的整体转型或特色发展。大学的宏观管理目标确立之后，实现学校发展目标的主体在于学院，院系的健康发展是大学高质量发展的根本保证。因此现代大学治理研究的核心应该是院系治理，大学治理的重心将从大学管理体制转向到院系运行模式，体现了“现代大学制度”走向“现代学院制度”的必然选择。我国高等教育大众化推进了大学学院制改革，大学基本形成了校、院、系三级办学体制，扩大了二级学院的办学和管理的自主权，实现了管理重心的下移，提高了管理效能。但在实际的运作过程中，学校权力的下放不够坚决，权力配置不够均衡，权责对应不够清晰，权力冲突时有发生，学院自主权缺乏，内源性制度建设薄弱，等等，这些体制性的障碍束缚了学院发展活力，影响大学教育质量。可见，大学办学自主权逐级下放之后的首要问题，是优化内部治理结构，尤其是学院治理结构，以优化的结构提升办学的功能。从组织结构来说，院系与大学是一种隶属关系，但从组织属性而言，院系又有自身的规定性，有其自身的权力结构和运行机理。可以说，院系治理兼具宏观与微观、部分与整体的统一特性，院系治理既是大学治理的最终落脚点，又是大学内部治理的核心载体。学院是一个以学术权力为引领，以政治权力为导向，以行政权力为保障，以经济权力为杠杆，以象征性权力为精髓的学术团体。本研究试图借鉴国外大学治理模式和中国大学学院治理的现状，借助质性研究方法，构建“学术主导、分类驱动和综合改进”的现代大学院系治理机制，探索现代大学学院制度建设。在学院权力配置与运行机制上破除大学行政体制在学院的复制，破除三级权力体系在院系的科层式复制，彰显学术权力，回归学院学术本位，构建以师生为核心的利益相关者权力互动的多元治理结构，建立立足于院系学术组织特征和根本职能的协同治理机制。在这一研究中，核心概念是权力，核心权力关系是行政权力和学术权力的关系。本论文运用多学科的观点，梳理大学治理的理论基础，概括大学院系治理的基本要素和价值取向，借助场域理论分析工具，从静态和动态两个方面分析当前不同类型院系治理结构和机制问题。并在借鉴国外院系治理的先进理念，结合当前我国大学内部治理存在问题的基础上，对院系治理模式提出构想。论文在结构上分为五部分：第一章为引言部分，介绍本研究的背景、意义、研究现状和研究方法，并进行了相关概念的梳理和界定。第二章为理论基础部分，即治理理论的主要观点和大学院系治理的基本精神。通过对三种治理理论的基本观点、对学院治理的适用性和存在的问题进行了剖析，提炼出大学院系治理的基本要素及其价值理念，为院系治理研究明确方向和路径。第三章为现实解读部分，运用田野观察法、问卷调查法和深度访谈法，以场域理论为基本分析工具，以权力配置与运行机理为基本线索分析了我国大学院系现有三种主要管理模式中的权力互动机制及其现实困境。第四章为比较研究部分，对英国、美国、法国、德国、日本五国大学的内部治理结构特点和学院制发展的经验进行了梳理和总结，同时对2011年教育部启动的试点学院改革的状况、经验和困境进行了调研和分析，以期为当前学院治理改革提供经验借鉴与示范。第五章为改革构想部分，根据理论背景、时代需求和学院发展面临的实际问题，根据“使命-功能-结构”的判定模式，将学院进行了三种类型的划分，提出学术主导、分类驱动和综合推进的治理改革设想。最后结语部分对全文进行重新梳理和反思，指出论文的不足和下一阶段的研究重点。