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粗脚粉螨是我国常见的粉螨,是仓储粮食、经济作物和食用菌的重要害螨,其经济重要性受到国内外的广泛重视。本研究采用ISSR分子标记探讨了不同居群粗脚粉螨的遗传多样性及其居群遗传结构。主要研究内容及结果如下。（1）探索并确定了粗脚粉螨基因组DNA提取的最佳方案。SDS（10%m/v）40μl,蛋白酶K（10mg/mL）6μl,STE 204μl;消化温度:45℃;消化时间:10-12h;粗脚粉螨个体数:50只;总体积250μl。（2）建立了ISSR-PCR最佳反应体系。通过正交实验方法,建立了粗脚粉螨ISSR-PCR最佳反应体系:Mg2+浓度2.0mmol/L、Taq DNA聚合酶0.75U、dNTPs浓度0.25μmol/L、引物浓度0.3μmol/L、模版DNA量20ng,总体积为25μl。（3）ISSR-PCR扩增结果:共筛选出18条条带清晰、扩增稳定、多态性高的引物,分别对江西南昌（NC）、九江（JJ）及安徽巢湖两个不同寄主（AH-1、AH-2）共4个不同居群进行ISSR-PCR扩增,共获得136条带,其中多态性条带107条,多态带百分比（PPB）为78.68%。（4）遗传多样性分析:在居群水平上,平均期望杂合度（He）,Shannon信息指数（Ⅰ）和多态带百分比分别为0.1302,0.1875和30.15%;在物种水平上,期望杂合度（He）,Shannon指数（Ⅰ）和多态带百分率（PPB）分别为0.3586,0.5314和78.68%。4个居群的遗传多样性由高到低为:JJ＞NC＞AH-1＞AH-2,九江居群遗传多样性丰富度最高。（5）群体间遗传变异分析:各居群间的基因分化系数Gst为0.6283,说明四个居群间表现出较高水平的遗传分化,这与AMOVA分析结果(FST=0.5824,P＜0.001)接近。遗传结构分析表明居群间基因流（Nm=0.2957）水平较低。基于遗传距离的UPMGA聚类分析显示安徽粗脚粉螨两居群亲缘关系最为紧密,九江居群与其他居群亲缘关系较远。分析结果可得:不同居群的粗脚粉螨发生了一定的分化,地理居群遗传差异大于不同寄主居群遗传差异,各居群遗传距离与地理距离无关,说明地理隔离并不是形成遗传差异的主导因素。