广西壮族自治区地处我国西南部,气候潮湿多雨,高温酷暑持续时间长。独特的自然环境条件和长期的风土驯化形成了3个优良的地方黄牛品种(隆林牛、南丹牛和涠洲牛)。随着全基因测序技术的发展,世界范围内家牛全基因组测序数据不断累积,通过重测序分析家牛全基因组遗传多样性的研究报道越来越多,但是对于广西地方黄牛品种全基因组遗传多样性的研究未见报道。本研究对21头隆林牛、18头南丹牛和17头涠洲牛进行全基因组重测序,并用已发表的18头巴基斯坦瘤牛和15头韩牛的全基因组测序数据作为对照,以揭示广西3个黄牛品种全基因组水平的遗传变异和遗传多样性。主要结果如下:(1)广西3个黄牛品种遗传变异非常丰富,平均SNP数目比韩牛和巴基斯坦瘤牛分别多22,212,517个和11,885,454个,平均In Del数目分别比韩牛和巴基斯坦瘤牛多2,413,421个和1,494,795个。(2)广西3个黄牛品种主要为瘤牛起源,但与巴基斯坦瘤牛存在明显分歧,提示中国南方瘤牛与印度瘤牛可能是独立驯化的。(3)广西3个黄牛品种核苷酸多样性基本一致;广西3个黄牛品种中,隆林牛的LD连锁不平衡程度最低,涠洲牛最高;ROH结果显示,南丹牛可能有近亲繁殖现象。(4)广西3个黄牛品种共享24,345,302个SNP和2,697,399个In Del。KEGG功能富集分析发现,广西3个黄牛品种共享抵抗疱疹病毒基因(TLR2、DDX58、TAP2),GO功能富集分析发现其共享分子黏附相关的基因(NCR3、FAT4)和6个参与补体激活的基因,可能与广西黄牛适应南方潮湿多雨,高温酷暑气候有关。(5)线粒体基因组分析发现,广西3个黄牛品种具有独特的瘤牛I1a亚单倍型组,在隆林牛、南丹牛和涠洲牛中的比例分别为71.43%、66.67%和100%。(6)Y染色体雄性特异区SNP分析发现,广西3个黄牛品种中瘤牛Y3a单倍型组占优势。本研究从全基因组水平系统评估了广西3个地方黄牛品种的遗传多样性与起源,对保护广西地方黄牛品种资源具有重要意义。